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nwuchem

木虫 (正式写手)


[资源] 结构解析中水分子加氢方法-与大家共同讨论

1. 在晶体学数据比较好的情况下,水分子的H原子可以通过Q峰上找出,通常需要考虑的因素有:

    1)H-O-H的键长和键角,键长应在0.7到1之间,键角在100度左右;
    2)检查水分子的H原子形成的氢键的方向。

    2. 当晶体学数据不理想时,在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50,甚至更大(PLAN 100),然后在O原子的周围的残余峰中仔细辨认,把位置合适的残余峰定为H。如果氢原子位置在经修过程发生改变,我们可以通过指令将其固定。
    在精修以前打ins文件,找到先前确定的H原子:

    H1 x1 y1 z1 11.0000 0.0x
    H2 x2 y2 z2 11.0000 0.0x

    在数据前面加入 AFIX 3的指令,同时把H的温度因子固定为父原子的1.2倍,就可以把要进行精修的H固定。改为如下:

    AFIX 3 
    H1 x1 y1 z1 11.0000 -1.2000
    H2 x2 y2 z2 11.0000 -1.2000


    这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。

    大家还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。

    如果实在找不到氢原子,也不必强求,因为主体结构可到了准确地确定和精修,氢原子是没有什么影响的,在结构解析部分交代清楚即可。有好多相关的文献都有过这样的做法。

    抛砖引玉,请大家共同讨论!
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zdc_2006

木虫 (著名写手)


真是好东东啊
3楼2007-10-02 16:47:26
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