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guocen1992

新虫 (初入文坛)

[求助] 急！！！新手求助phylip 软件具体操作以及错误解决方法

请教各位大侠，我是phylip软件的新手，在数据处理时遇到很多问题，求指点！！！
我以前没有接触过生物信息学，现在要用phylip-3.69软件分析我测序出来的转座子序列，在用CLUSTALX进行序列比对之后，用seqboot.exe生成了一个output文件，然后导入到dnaml.exe之后就老是出错，如下图：


还有，在ML法里面outgroup如何选择？图中的T用MEGA5.0算可以吗？

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1楼 2013-04-07 17:25:15
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
看说明书就好了，步骤其实不难，只是说起来有点麻烦，祝好！
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将相本无种★男儿当自强
4楼2013-04-08 14:11:12
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
guocen1992: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-07 19:57:24
如果是构建ML树还是选择别的软件好，Phylip适合进行NJ的构建。你的数据中是不是有一些兼并位点阿。或是你在Clustal的结果中好好观察，如果有兼并位点还是使用DnaSP进行单倍型分离后再进行分析。祝好！
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将相本无种★男儿当自强
2楼2013-04-07 17:35:38
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guocen1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-07 17:35:38
如果是构建ML树还是选择别的软件好，Phylip适合进行NJ的构建。你的数据中是不是有一些兼并位点阿。或是你在Clustal的结果中好好观察，如果有兼并位点还是使用DnaSP进行单倍型分离后再进行分析。祝好！

那有什么软件易操作又适合构建ML树吗，因为是新手，所以学起来比较吃力~另外，能不能将DnaSP进行单倍型分离的操作步骤告知一下，谢谢！
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3楼2013-04-07 20:04:30
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guocen1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-08 14:11:12
看说明书就好了，步骤其实不难，只是说起来有点麻烦，祝好！

那请问下你知道用phylip建好的树在treeview中为什么置信度显示不出来？

1.jpg
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5楼2013-04-08 16:03:17
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