应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 急！！！新手求助phylip 软件具体操作以及错误解决方法
51/1返回列表
查看: 1004  |  回复: 4
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

guocen1992

新虫 (初入文坛)

[求助] 急！！！新手求助phylip 软件具体操作以及错误解决方法

请教各位大侠，我是phylip软件的新手，在数据处理时遇到很多问题，求指点！！！
我以前没有接触过生物信息学，现在要用phylip-3.69软件分析我测序出来的转座子序列，在用CLUSTALX进行序列比对之后，用seqboot.exe生成了一个output文件，然后导入到dnaml.exe之后就老是出错，如下图：


还有，在ML法里面outgroup如何选择？图中的T用MEGA5.0算可以吗？

`H6)4EPG7G)O7)]6564%$GU.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2013-04-07 17:25:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guocen1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-07 17:35:38
如果是构建ML树还是选择别的软件好，Phylip适合进行NJ的构建。你的数据中是不是有一些兼并位点阿。或是你在Clustal的结果中好好观察，如果有兼并位点还是使用DnaSP进行单倍型分离后再进行分析。祝好！

那有什么软件易操作又适合构建ML树吗，因为是新手，所以学起来比较吃力~另外，能不能将DnaSP进行单倍型分离的操作步骤告知一下，谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-07 20:04:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
guocen1992: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-07 19:57:24
如果是构建ML树还是选择别的软件好，Phylip适合进行NJ的构建。你的数据中是不是有一些兼并位点阿。或是你在Clustal的结果中好好观察，如果有兼并位点还是使用DnaSP进行单倍型分离后再进行分析。祝好！
赞一下 回复此楼
将相本无种★男儿当自强
2楼2013-04-07 17:35:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
看说明书就好了，步骤其实不难，只是说起来有点麻烦，祝好！
赞一下 回复此楼
将相本无种★男儿当自强
4楼2013-04-08 14:11:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guocen1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-08 14:11:12
看说明书就好了，步骤其实不难，只是说起来有点麻烦，祝好！

那请问下你知道用phylip建好的树在treeview中为什么置信度显示不出来？

1.jpg
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-08 16:03:17
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 论文翻译-EnPapers美助理教授团队-SCI英文润色
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 太卷了 +11 shuigubio 2024-06-17 22/1100 2024-06-17 19:53 by 胖虎
[论文投稿] 论文已接收，但发现修改稿传的是旧版该怎么办？ +3 zsq54321 2024-06-15 6/300 2024-06-17 19:45 by wjykycg
[基金申请] 有人中过人文社科类的博后特助吗？ +3 outsider1986 2024-06-16 4/200 2024-06-17 19:35 by outsider1986
[基金申请] 最新消息：2024国自然下载文件名变了 +15 dream200606 2024-06-16 28/1400 2024-06-17 19:04 by 6543yes
[考博] 2025考博 +7 自强不息a?a 2024-06-15 11/550 2024-06-17 18:13 by 小木雄子
[基金申请] 我标书代码变了 +44 学员NHuqdk 2024-06-16 58/2900 2024-06-17 17:39 by wenfengw83
[找工作] 药学硕士找不到工作，打算去做科研助理了 +5 pom戴墨镜 2024-06-14 11/550 2024-06-17 17:16 by pom戴墨镜
[基金申请] 2024国社科通讯评审 +11 qsd10086 2024-06-13 21/1050 2024-06-17 15:49 by 张郎才进
[有机交流] 苯酚和炔醇反应，mitsunobu反应 5+3 TONGMEIMEI 2024-06-12 9/450 2024-06-17 15:00 by dschong
[教师之家] 饶议：什么制度能保障大学普通教师不用为领导拎包，不用看领导脸色 +10 zju2000 2024-06-12 16/800 2024-06-17 14:54 by 大天尊
[文学芳草园] 累并快乐着 +14 MYHLD521 2024-06-14 14/700 2024-06-17 14:51 by shl2112501
[教师之家] 请问事业编制和年薪制冲突吗？ +10 ZHONGWU_U 2024-06-14 10/500 2024-06-17 14:44 by 周周520
[基金申请] 博士后创新人才支持计划公示 +9 aishida144 2024-06-14 15/750 2024-06-16 09:52 by msjy
[基金申请] 关于博后基金的bug问题 +6 lxr1991 2024-06-14 9/450 2024-06-15 21:17 by since—2010
[有机交流] ππ堆积会发生在有机溶剂中吗 5+3 zibuyu0420 2024-06-13 4/200 2024-06-14 14:17 by 小肉干
[基金申请] 75批博后基金 +10 kyukitu 2024-06-13 13/650 2024-06-14 10:31 by kyukitu
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章，可以投哪里啊？有没有水一些的期刊推荐 +7 香瓜木香 2024-06-12 13/650 2024-06-14 07:05 by 香瓜木香
[硕博家园] 科研求助 +5 杲www 2024-06-12 6/300 2024-06-13 16:16 by 姓李名明
[考博] 博导选择 +3 bing85977 2024-06-12 3/150 2024-06-13 15:34 by 我是邱尧
[硕博家园] 申博 +3 悦悦小小鱼 2024-06-12 3/150 2024-06-12 15:11 by chen5805
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭