应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 急！！！新手求助phylip 软件具体操作以及错误解决方法
51/1返回列表
查看: 1286  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

guocen1992

新虫 (初入文坛)

[求助] 急！！！新手求助phylip 软件具体操作以及错误解决方法

请教各位大侠，我是phylip软件的新手，在数据处理时遇到很多问题，求指点！！！
我以前没有接触过生物信息学，现在要用phylip-3.69软件分析我测序出来的转座子序列，在用CLUSTALX进行序列比对之后，用seqboot.exe生成了一个output文件，然后导入到dnaml.exe之后就老是出错，如下图：


还有，在ML法里面outgroup如何选择？图中的T用MEGA5.0算可以吗？

`H6)4EPG7G)O7)]6564%$GU.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-07 17:25:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
guocen1992: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-07 19:57:24
如果是构建ML树还是选择别的软件好，Phylip适合进行NJ的构建。你的数据中是不是有一些兼并位点阿。或是你在Clustal的结果中好好观察，如果有兼并位点还是使用DnaSP进行单倍型分离后再进行分析。祝好！
赞一下 回复此楼
将相本无种★男儿当自强
2楼2013-04-07 17:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guocen1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-07 17:35:38
如果是构建ML树还是选择别的软件好，Phylip适合进行NJ的构建。你的数据中是不是有一些兼并位点阿。或是你在Clustal的结果中好好观察，如果有兼并位点还是使用DnaSP进行单倍型分离后再进行分析。祝好！

那有什么软件易操作又适合构建ML树吗，因为是新手，所以学起来比较吃力~另外，能不能将DnaSP进行单倍型分离的操作步骤告知一下，谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-07 20:04:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
看说明书就好了，步骤其实不难，只是说起来有点麻烦，祝好！
赞一下 回复此楼
将相本无种★男儿当自强
4楼2013-04-08 14:11:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guocen1992

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-08 14:11:12
看说明书就好了，步骤其实不难，只是说起来有点麻烦，祝好！

那请问下你知道用phylip建好的树在treeview中为什么置信度显示不出来？

1.jpg
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-08 16:03:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 guocen1992 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 303求调剂 +5 今夏不夏 2026-03-01 5/250 2026-03-02 15:01 by 向上的胖东
[考研] 0856调剂 +7 刘梦微 2026-02-28 7/350 2026-03-02 14:11 by liyongv
[考博] 诚招农业博士 +3 心欣向荣 2026-02-28 3/150 2026-03-02 13:33 by 时间不狗
[考研] 338求调剂 +3 18162027187 2026-03-02 3/150 2026-03-02 13:12 by houyaoxu
[考研] 272求调剂 +7 材紫有化 2026-02-28 7/350 2026-03-02 12:48 by 无际的草原
[考研] 275求调剂 +4 明远求学 2026-03-01 4/200 2026-03-02 12:45 by 无际的草原
[考研] 材料工程274求调剂 +4 Lilithan 2026-03-01 4/200 2026-03-02 12:06 by yuchj
[考研] 284求调剂 +10 天下熯 2026-02-28 11/550 2026-03-02 11:03 by 无际的草原
[考研] 0856材料与化工，270求调剂 +8 YXCT 2026-03-01 9/450 2026-03-02 11:01 by 无际的草原
[考研] 264求调剂 +4 巴拉巴拉根556 2026-02-28 4/200 2026-03-02 10:48 by yuchj
[考研] 0856材料调剂 +4 沿岸有贝壳OUC 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:19 by 公瑾逍遥
[考研] 322求调剂 +3 熊境喆 2026-03-01 3/150 2026-03-02 08:44 by houyaoxu
[考研] 材料化工调剂 +12 今夏不夏 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:32 by L135790
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博！
[考研] 328求调剂 +3 aaadim 2026-03-01 5/250 2026-03-01 17:29 by njzyff
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭