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jose123

铜虫 (初入文坛)

[求助] PCR杂带

最近抽提了鱼的组织肝脏、脾脏、头肾和血液的RNA,做溶菌酶基因的半定量PCR,设计了好几对引物(all none),奇怪的是:
在肝脏中只有一条目的带,其他组织中均有2条带。不知什么原因,求解释啊,新手金币不足,见谅!!!

222.jpg
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jose123 at 2013-04-05 23:48:54
谢谢!...

忘记说了,你可以试试不加模板,其他PCR组分相同,如果还有下面的带,说明是引物二聚体。如果没有了,可能是引物与模板有非特异结合。
6楼2013-04-06 00:02:09
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励应助! 2013-04-05 13:25:52
下面的那条带可能是引物二聚体或者非特异扩增。感觉是你的基因在肝脏里面丰度高,所以P出来很亮的一条带。其他组织里面少,所以产生非特异扩增或者形成大量引物二聚体。
2楼2013-04-05 00:28:22
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jose123

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-05 00:28:22
下面的那条带可能是引物二聚体或者非特异扩增。感觉是你的基因在肝脏里面丰度高,所以P出来很亮的一条带。其他组织里面少,所以产生非特异扩增或者形成大量引物二聚体。

dimer的可能性感觉很小,因为多出的条带还是比较大的,差不多100bp。应该也可以排除引物的问题。至于非特异性,我也跑了梯度,那条带还是消除不了。(感觉是你的基因在肝脏里面丰度高,所以P出来很亮的一条带。为什么丰度高就不会有非特异性?)
3楼2013-04-05 21:58:21
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jose123: 金币+4, 有帮助 2013-04-05 23:53:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by jose123 at 2013-04-05 21:58:21
dimer的可能性感觉很小,因为多出的条带还是比较大的,差不多100bp。应该也可以排除引物的问题。至于非特异性,我也跑了梯度,那条带还是消除不了。(感觉是你的基因在肝脏里面丰度高,所以P出来很亮的一条带。为什 ...

引物二聚体一般是比你跑出来的稍微小一点,所以我不好区分是否是引物二聚体或者是非特异性。丰度高的活说明模板浓度高,形成引物二聚体或者引物与其他非特异性结合的几率降低。
4楼2013-04-05 23:32:39
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