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小木虫于金虫 (正式写手)
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[求助]
siesta计算时processorY的选择
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最近计算时发现一些问题。求帮助。 先把发现问题的过程叙述一下： 我正在算石墨烯掺杂，由于掺杂位置多变，所以有又很多结构，我逐个进行结构优化。建好模型后分别放到了我们自己的服务器和超算的服务器上。同样大小的任务放到我们的机器上计算非常快。而放到超算的机器上计算非常慢。只有我们自己机器的五分之一。但是昨天发现超算上有一个任务算的很快，和我们自己的机器差不多，每个电子步只慢上10几秒，很满意（机器配置在最下面）。但是为何同样的任务在超算上，有的快，有的慢。我很迷惑。后来逐个对比fdf.log中每个参数，发现了问题。凡事算的快的ProceesorY默认值都是3，而慢的默认值都是1。而我们自己的机器上processorY默认值都是3. 然后我发算的慢的任务中把processorY都手动设置成3，满心欢喜会有好结果出来，但是却很失望，计算报错： ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR STOP from Node: 0 ERROR STOP from Node: 0 [unset]: aborting job: application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 差不多的任务（甚至同样的任务），同样的机器，为何这个processorY不能一样。我该如何让计算加速呢。 望高手教我。 我们的机器12核，3.4Ghz， 48G内存。 超算机器12核，大约2.8Ghz，24G内存 |
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2楼2013-05-12 13:45:28
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