| 查看: 446 | 回复: 1 | |||
小木虫于金虫 (正式写手)
|
[求助]
siesta计算时processorY的选择
|
|
最近计算时发现一些问题。求帮助。 先把发现问题的过程叙述一下： 我正在算石墨烯掺杂，由于掺杂位置多变，所以有又很多结构，我逐个进行结构优化。建好模型后分别放到了我们自己的服务器和超算的服务器上。同样大小的任务放到我们的机器上计算非常快。而放到超算的机器上计算非常慢。只有我们自己机器的五分之一。但是昨天发现超算上有一个任务算的很快，和我们自己的机器差不多，每个电子步只慢上10几秒，很满意（机器配置在最下面）。但是为何同样的任务在超算上，有的快，有的慢。我很迷惑。后来逐个对比fdf.log中每个参数，发现了问题。凡事算的快的ProceesorY默认值都是3，而慢的默认值都是1。而我们自己的机器上processorY默认值都是3. 然后我发算的慢的任务中把processorY都手动设置成3，满心欢喜会有好结果出来，但是却很失望，计算报错： ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR STOP from Node: 0 ERROR STOP from Node: 0 [unset]: aborting job: application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 差不多的任务（甚至同样的任务），同样的机器，为何这个processorY不能一样。我该如何让计算加速呢。 望高手教我。 我们的机器12核，3.4Ghz， 48G内存。 超算机器12核，大约2.8Ghz，24G内存 |
回复此楼» 猜你喜欢
2026 WR青拔
已经有7人回复
-
291求调剂
已经有9人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有9人回复
-
271求调剂
已经有37人回复
-
申博自荐
已经有3人回复
-
300求调剂
已经有10人回复
-
26年电池方向博士申请
已经有5人回复
-
急需调剂
已经有6人回复
-
RY：中国产出的科学垃圾论文，绝对数量和比例都世界第一
已经有18人回复
-
291求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- ubuntu下siesta 3.1/3.2的安装问题。
已经有4人回复
- 求助用siesta计算COHP
已经有16人回复
- 提交siesta任务计算失败
已经有11人回复
- SIESTA计算能级不准怎么解决
已经有10人回复
- siesta计算出现forrtl: error (69): process interrupted (SIGINT)
已经有10人回复
- siesta计算dipole moment（电偶极矩）
已经有7人回复
- transiesta计算运行出错
已经有4人回复
- 关于SIESTA中如何计算功函数的一种做法探讨
已经有8人回复
- siesta计算弱相互作用VDW
已经有17人回复
- 【求助】siesta进行ordern计算出错求助
已经有4人回复
- 【求助】如何在siesta中设置ghost state原子的计算
已经有16人回复
- 【求助】siesta 计算DOS应该注意什么问题
已经有3人回复
- 【求助】siesta计算中，如何进行BSSE修正？
已经有9人回复
- 【求助】请教siesta3.0-beta如何计算PDOS、overlap population及coop
已经有12人回复
springxa
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 23 (小学生)
- 金币: 18016.1
- 散金: 337
- 红花: 1
- 帖子: 3037
- 在线: 415.6小时
- 虫号: 894685
- 注册: 2009-11-05
- 性别: GG
- 专业: 固体力学
2楼2013-05-12 13:45:28
