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shasha沙

铜虫 (小有名气)

[求助] 求解救,被蛋白质困扰。。

我做的蛋白质是假单胞菌分泌的胞外酶,提取方法直接离心降解培养基手机上清液,弃掉菌体沉淀。降解培养基的主要成分是葡萄糖,牛肉膏(微量),硝酸铵,磷酸盐缓冲液~现在正在做SDS-PAGE,已经做了接近一个月,还是有各种问题,已经没有信心做出来了,求指教,求解救~问题主要有以下几点:
1.胞外蛋白含量特别少,一般只有20ug/mL左右,有时候还检测不出来,所以蛋白质的条带特别不清楚。不知道有没有比较有效的浓缩方法?
现在使用过超滤管,但是选择孔径大小上,我选择了最小的,3KD,离心一个小时浓缩效果不明显。不知道超滤管的会不会损失蛋白
还尝试过TCA沉淀方法,但是跑电泳之前加入loading煮沸5min之后沉淀不溶解,离心手机上清液上样,条带不好看,而且也不清楚,不知道用到的药品,三氯乙酸,脱氧胆酸钠,DTT,丙酮会不会影响电泳效果
2 接下来还要做二维电泳,做二维电泳的老师说,上清液中含糖对电泳影响特别大,建议我除糖,而且要过柱子,不知道要选择什么填料的柱子,是用什么缓冲液洗脱,需要多大的培养液,这种方法可行性高吗?这方面一点也不了解,还求大神指教。不知道过柱子之后蛋白纯度会不会提高?
现在都快愁白头了,我们组之前没有师兄师姐做过,所以特别苦闷。。
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gaojuan1985

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流,节日愉快 2013-04-01 16:00:54
shasha沙: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-03 08:58:36
1. 浓缩,可选用超滤或TCA沉淀,TCA沉淀是做SDS-PAGE浓缩比较经典的方法了。20 ug/ml的话可以取1-2 ml进行TCA沉淀,然后上样。沉淀不溶解?你肉眼能看到管底有沉淀?说明太多了。我通常用的量都是肉眼使劲看才能看到一点点沉淀的。TCA不会影响SDS-PAGE,但是对二维电泳就不清楚啦。
2. 除糖?这倒是很有挑战性。小的糖肯定能通过透析或者超滤除去。但是很大的糖想除掉还真不容易。LZ可以测一下糖含量嘛,再做决定
2楼2013-04-01 12:50:33
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shasha沙

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaojuan1985 at 2013-04-01 12:50:33
1. 浓缩,可选用超滤或TCA沉淀,TCA沉淀是做SDS-PAGE浓缩比较经典的方法了。20 ug/ml的话可以取1-2 ml进行TCA沉淀,然后上样。沉淀不溶解?你肉眼能看到管底有沉淀?说明太多了。我通常用的量都是肉眼使劲看才能看到 ...

谢谢啦~TCA沉淀后能看到明显的白色沉淀,但是假如loading buffer之后不溶解,取上清液做电泳,条带还不如不浓缩的清楚,拖尾。我培养基里都是葡萄糖应该能用超滤除掉吧?对葡萄糖的量检测使用什么方法?
3楼2013-04-01 15:00:10
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shasha沙

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaojuan1985 at 2013-04-01 12:50:33
1. 浓缩,可选用超滤或TCA沉淀,TCA沉淀是做SDS-PAGE浓缩比较经典的方法了。20 ug/ml的话可以取1-2 ml进行TCA沉淀,然后上样。沉淀不溶解?你肉眼能看到管底有沉淀?说明太多了。我通常用的量都是肉眼使劲看才能看到 ...

我使用TCA沉淀后有明显的白色沉淀,煮沸之后也不会溶解,能把你TCA沉淀的方法发一下吗?是不是我的方法有问题~
我培养基里有葡萄糖,一般测葡萄糖的含量都用什么方法呢?
4楼2013-04-01 15:02:52
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gaojuan1985

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


gyesang: 金币+1, 鼓励应助! 2013-04-05 13:51:47
煮沸之后不溶解,是因为votex的不够,我通常都是一个样品先votex几分钟,然后再煮,煮完之后再votex,百试百灵。振到手都抖了,就可以了
葡萄糖,可以用葡萄糖氧化酶的试剂盒去测,简单的你知道那个血糖试纸吧,糖尿病人用的那种,也可以测,不过我不记得浓度范围是多大了。总糖含量可以用酚硫酸法测定。
5楼2013-04-01 15:12:20
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ourlab

捐助贵宾 (正式写手)

生命科学博士


gyesang: 金币+1, 鼓励应助! 2013-04-05 13:51:59
可考虑使用高饱和度(50%或60%)的氯化铵将酶沉淀下来,然后重新用少量缓冲液溶解。透析除去盐分,再进行下一步工作。这种方法适合大量的样品,费用低廉,酶活性保存得好。
6楼2013-04-03 10:43:01
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shasha沙

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ourlab at 2013-04-03 10:43:01
可考虑使用高饱和度(50%或60%)的氯化铵将酶沉淀下来,然后重新用少量缓冲液溶解。透析除去盐分,再进行下一步工作。这种方法适合大量的样品,费用低廉,酶活性保存得好。

我试过这个方法,可能由于酶含量太小的原因,过夜之后没有沉淀~
7楼2013-04-03 10:57:47
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小爪冰凉

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by shasha沙 at 2013-04-01 15:02:52
我使用TCA沉淀后有明显的白色沉淀,煮沸之后也不会溶解,能把你TCA沉淀的方法发一下吗?是不是我的方法有问题~
我培养基里有葡萄糖,一般测葡萄糖的含量都用什么方法呢?...

请教一下做蛋白沉淀的三氯乙酸的纯度要求是多少?化学纯?分析纯?谢了!
8楼2013-04-22 23:17:55
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shasha沙

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 小爪冰凉 at 2013-04-22 23:17:55
请教一下做蛋白沉淀的三氯乙酸的纯度要求是多少?化学纯?分析纯?谢了!...

最好是分析纯,因为蛋白质纯化最好不要引入杂质
9楼2013-04-26 11:01:10
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李玉洁

新虫 (初入文坛)

我也在做培养基里面的蛋白,用TCA沉淀,沉淀前加入蛋白酶抑制剂,但是培养基量太大,蛋白酶抑制剂需要的太多了,所以提出来的蛋白都降解了,看文献里面有的人用脱氧胆酸钠,再TCA沉淀,想问一下脱氧胆酸钠可以起到蛋白酶抑制剂的作用吗?可以保护蛋白不被降解吗
10楼2019-03-26 17:23:51
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