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zs416

铁虫 (小有名气)

[求助] PCR小白,请教个关于NCBI的问题

PCR小白一枚,不会设计引物,想在NCBI上找个文章中的现成引物。已经在NCBI上找到该基因了,但是,不知道怎么由基因的同源序列那里反过去查文章,请高手们教教我。
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实验顺利
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liyu0355

木虫 (正式写手)

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感谢参与,应助指数 +1
这个设计需要相关软件的,不知你有没有相关软件呢?
2楼2013-03-30 18:53:37
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zs416

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liyu0355 at 2013-03-30 18:53:37
这个设计需要相关软件的,不知你有没有相关软件呢?

下了Primer5.0,但是用的还不熟练。想请问一下,我要用PCR扩增DNA的某个基因的保守序列,前提是我不知道我研究的材料的该基因的序列,如果用Primer5.0设计引物的时候,我是不是该把我在其他物种上查到的该基因的保守序列输入到Primer中呢?
实验顺利
3楼2013-04-01 23:06:11
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liyu0355

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


zs416(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-31 16:54:06
把其他物种上查到的该基因的保守序列输入到Primer中.
设计引物,进行扩增你的目的片段.
4楼2013-04-02 10:50:40
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奇怪人生123

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zs416(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-31 16:54:14
多个物种的相似功能基因进行比对,可以是基因序列比对,蛋白比对的话更好。如果是蛋白比对,挑选保守性高的位点设计简并引物,以你的菌种为模板,进行简并PCR。
实时荧光定量PCR(TaqMan探针法)欢迎和大家探讨~
5楼2013-04-02 16:39:17
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意孤城_

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-05-31 16:54:20
gyesang: 回帖置顶 2013-05-31 16:54:37
关于引物设计 很多人都选择使用软件什么的 那肯定会很好。从我们实验室来讲 从来不使用(除了一些特殊的PCR外)我们设计引物真的很随意的  就在你的目的基因的上下游随机取上18-20bp的序列(如果是从基因组上扩增就适当在长一点),有需要酶切位点的加上再加上保护碱基(有时候就达到近30bp),有的时候上下游退火温度相差很大,使用梯度或者Touchdown很随意就p出目的条带了,百试不爽。当然可以注意一下3‘末端最后一个碱基避免T
6楼2013-04-02 20:46:21
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