应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » discover 计算。。。老是半路error怎么回事啊。。
81/1返回列表
查看: 1067  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] discover 计算。。。老是半路error怎么回事啊。。

是不是要把那个deviation 设置的大一点啊。。。但是这个deviation是什么意思啊。。设置大了会不会不准啊。。


Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
加油，一定能成功
1楼 2013-03-28 09:32:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
体系能量太高 先优化能量最小化
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-28 10:11:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-03-28 10:11:56
体系能量太高 先优化能量最小化

我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败，也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算？ 这样会不会好点？
赞一下 回复此楼
加油，一定能成功
3楼2013-03-28 10:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Zr891002 at 2013-03-28 10:24:50
我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败，也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算？ 这样会不会好点？...

一般我们优化过之后就行了的。 可能是你优化的时间不够 再优化下试试， 要是不行的话就退火试试 在做动力学。
先做NVE在用NPT这个没这么做过。。。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-28 20:33:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-03-28 20:33:08
一般我们优化过之后就行了的。 可能是你优化的时间不够 再优化下试试， 要是不行的话就退火试试 在做动力学。
先做NVE在用NPT这个没这么做过。。。...

亲，这个退火是什么意思？也是降低体系能量吗？在我的理解中将体系最小化之后，直接跑动力学不行吗？我是小白我为自己代言，不要喷我
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-29 12:07:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

upc穆宁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by Zr891002 at 2013-03-28 10:24:50
我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败，也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算？ 这样会不会好点？...

为什么先用NVE再用NPT?用NVE跑到平衡是什么状态？我没遇到过，希望你给科普一下
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-29 12:09:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 12:09:47
为什么先用NVE再用NPT?用NVE跑到平衡是什么状态？我没遇到过，希望你给科普一下...

我看有个人的论文里面这么写的。。。
赞一下 回复此楼
加油，一定能成功
7楼2013-03-29 12:24:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 12:07:16
亲，这个退火是什么意思？也是降低体系能量吗？在我的理解中将体系最小化之后，直接跑动力学不行吗？我是小白我为自己代言，不要喷我...

退火用的是forcite 在discover里面是没有的 降低体系的内应力 调整距离 可以运行的话就选出个结构在做动力学 如果还是不行可能你的体系整个就有问题了 再重新建个构型试试。
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-29 15:26:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Zr891002 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +8 布布和一二 2026-08-08 15/750 2026-08-09 11:33 by 布布和一二
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 5/250 2026-08-08 21:54 by 13586093586
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:27 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:19 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 17:02 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 5/250 2026-08-08 15:59 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 4/200 2026-08-08 14:27 by oEVWOejN9taj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭