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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » discover 计算。。。老是半路error怎么回事啊。。
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Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] discover 计算。。。老是半路error怎么回事啊。。

是不是要把那个deviation 设置的大一点啊。。。但是这个deviation是什么意思啊。。设置大了会不会不准啊。。


Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
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加油，一定能成功
1楼 2013-03-28 09:32:39
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
体系能量太高 先优化能量最小化
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2楼2013-03-28 10:11:56
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Zr891002

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-03-28 10:11:56
体系能量太高 先优化能量最小化

我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败，也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算？ 这样会不会好点？
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加油，一定能成功
3楼2013-03-28 10:24:50
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Zr891002 at 2013-03-28 10:24:50
我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败，也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算？ 这样会不会好点？...

一般我们优化过之后就行了的。 可能是你优化的时间不够 再优化下试试， 要是不行的话就退火试试 在做动力学。
先做NVE在用NPT这个没这么做过。。。
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4楼2013-03-28 20:33:08
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upc穆宁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-03-28 20:33:08
一般我们优化过之后就行了的。 可能是你优化的时间不够 再优化下试试， 要是不行的话就退火试试 在做动力学。
先做NVE在用NPT这个没这么做过。。。...

亲，这个退火是什么意思？也是降低体系能量吗？在我的理解中将体系最小化之后，直接跑动力学不行吗？我是小白我为自己代言，不要喷我
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5楼2013-03-29 12:07:16
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upc穆宁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by Zr891002 at 2013-03-28 10:24:50
我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败，也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算？ 这样会不会好点？...

为什么先用NVE再用NPT?用NVE跑到平衡是什么状态？我没遇到过，希望你给科普一下
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6楼2013-03-29 12:09:47
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Zr891002

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 12:09:47
为什么先用NVE再用NPT?用NVE跑到平衡是什么状态？我没遇到过，希望你给科普一下...

我看有个人的论文里面这么写的。。。
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加油，一定能成功
7楼2013-03-29 12:24:09
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 12:07:16
亲，这个退火是什么意思？也是降低体系能量吗？在我的理解中将体系最小化之后，直接跑动力学不行吗？我是小白我为自己代言，不要喷我...

退火用的是forcite 在discover里面是没有的 降低体系的内应力 调整距离 可以运行的话就选出个结构在做动力学 如果还是不行可能你的体系整个就有问题了 再重新建个构型试试。
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8楼2013-03-29 15:26:39
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