24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 947  |  回复: 7

Zr891002

金虫 (小有名气)

[求助] discover 计算。。。老是半路error怎么回事啊。。

是不是要把那个deviation 设置的大一点啊。。。但是这个deviation是什么意思啊。。设置大了会不会不准啊。。


Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

加油,一定能成功
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
体系能量太高 先优化能量最小化
2楼2013-03-28 10:11:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-03-28 10:11:56
体系能量太高 先优化能量最小化

我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败,也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算? 这样会不会好点?
加油,一定能成功
3楼2013-03-28 10:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Zr891002 at 2013-03-28 10:24:50
我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败,也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算? 这样会不会好点?...

一般我们优化过之后就行了的。 可能是你优化的时间不够 再优化下试试, 要是不行的话就退火试试 在做动力学。
先做NVE在用NPT这个没这么做过。。。
4楼2013-03-28 20:33:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

upc穆宁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-03-28 20:33:08
一般我们优化过之后就行了的。 可能是你优化的时间不够 再优化下试试, 要是不行的话就退火试试 在做动力学。
先做NVE在用NPT这个没这么做过。。。...

亲,这个退火是什么意思?也是降低体系能量吗?在我的理解中将体系最小化之后,直接跑动力学不行吗?我是小白我为自己代言,不要喷我
5楼2013-03-29 12:07:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

upc穆宁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by Zr891002 at 2013-03-28 10:24:50
我已经最小化过了啊。。。我试过forcite的几何优化 也失败,也试过discover 的最小化。。。。还是这样

我是不是应该先用NVE跑一段时间平衡然后再用NPT计算? 这样会不会好点?...

为什么先用NVE再用NPT?用NVE跑到平衡是什么状态?我没遇到过,希望你给科普一下
6楼2013-03-29 12:09:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Zr891002

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 12:09:47
为什么先用NVE再用NPT?用NVE跑到平衡是什么状态?我没遇到过,希望你给科普一下...

我看有个人的论文里面这么写的。。。
加油,一定能成功
7楼2013-03-29 12:24:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by upc穆宁 at 2013-03-29 12:07:16
亲,这个退火是什么意思?也是降低体系能量吗?在我的理解中将体系最小化之后,直接跑动力学不行吗?我是小白我为自己代言,不要喷我...

退火用的是forcite 在discover里面是没有的 降低体系的内应力 调整距离 可以运行的话就选出个结构在做动力学 如果还是不行可能你的体系整个就有问题了 再重新建个构型试试。
8楼2013-03-29 15:26:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Zr891002 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 22408 352分求调剂 +5 努力的夏末 2026-04-09 5/250 2026-04-12 19:17 by wj165256
[考研] 339求调剂 +8 hanwudada 2026-04-11 9/450 2026-04-12 15:36 by laoshidan
[考研] 一志愿华中农微生物,288分,三年实验经历 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-12 10:21 by Hayaay
[考研] 人工智能320调剂08工类还有机会吗 +12 振—TZ 2026-04-10 12/600 2026-04-12 07:54 by wj165256
[考研] 270求调剂 +14 杨乐369 2026-04-11 14/700 2026-04-11 20:16 by 蓝云思雨
[考研] 284求调剂 +19 梵@@ 2026-04-06 21/1050 2026-04-10 21:12 by zhouxiaoyu
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 一志愿京区985,085401,与本科专业一致,电子信息工程, +4 阳光开朗的男孩 2026-04-10 4/200 2026-04-10 18:27 by shenrf
[考研] 一志愿京区985,085401电子信息,本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[论文投稿] mdpi小修rvr时间四五天了 20+3 哈哈high 2026-04-08 5/250 2026-04-10 16:02 by 北京莱茵润色
[考研] 314求调剂 +23 wakeluofu 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 15:31 by MOF_Catal
[考研] 环境专硕调剂 +16 会说话的肘子 2026-04-06 16/800 2026-04-10 10:30 by asy1wn
[考研] 材料复试求调剂 +20 xhhdjdjsjks 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 10:25 by 孙小小12457
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +24 额cc 2026-04-06 25/1250 2026-04-09 16:01 by wp06
[考研] 化学工程与技术专业一志愿哈工程 291分B区 国家级大创负责人 有一作论文 +13 Emmy~ 2026-04-09 13/650 2026-04-09 14:47 by only周
[考研] 0860004 求调剂 309分 +6 Yin DY 2026-04-09 6/300 2026-04-09 10:19 by 啊李999
[考研] 265求调剂 +19 小木虫085600 2026-04-06 21/1050 2026-04-08 10:38 by 逆水乘风
[考研] 一志愿西南090202求调剂 +4 在线求有学上 2026-04-07 4/200 2026-04-07 19:47 by biomichael
[考研] 22408 调剂材料 +7 我叫ez 2026-04-06 8/400 2026-04-07 17:12 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +5 小刘同学吖吖 2026-04-06 5/250 2026-04-06 18:34 by sherry_1901
信息提示
请填处理意见