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[求助]
NAMD复合物分子动力学菜鸟求助~~~~！！！
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请教各位大侠！ 小弟正在学习NAMD做复合物分子动力学，水球和水盒子结果如下，请大侠指导~！ 水球结果如下: TCL: Running for 2500 steps ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1202! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 480! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 763! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 471! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 水盒子结果如下:MINIMIZER SLOWLY MOVING 20075 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL 听了几个大牛建议，把受体断的地方修补了loop，conf中加入了margin=3，但还是跑散了，不知各位大侠有何建议？小弟跪谢！！ [ Last edited by jiaoyixiong on 2013-3-27 at 08:48 ] |
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感谢参与，应助指数 +1
jamesxue: 金币+30, ★★★很有帮助, 谢谢jiaoyixiong版主建议和提醒！我今晚就试试，到时再回帖请教前辈行吗？辛苦前辈了！~\\(≧▽≦)/~ 2013-03-27 16:21:30
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jamesxue: 金币+30, ★★★很有帮助, 谢谢jiaoyixiong版主建议和提醒！我今晚就试试，到时再回帖请教前辈行吗？辛苦前辈了！~\\(≧▽≦)/~ 2013-03-27 16:21:30
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1、你的时间不长是多少？先该小一些试试； 2、是不是用了rigid bond ？ 取消试试呗 3、有没有先进行能量最小化呢？建立好了模型，先进行能量最小化，然后 NVT 系宗下平衡模拟一小段时间，如果需要调节压强的话，再 NPT 系宗下调节，完了之后，再继续 NVT 系宗平衡。这样模拟体系才达到比较好的平衡状态。 PS 以后小木虫发帖不要出现 “跪求”等字眼儿，貌似不允许的 |
2楼2013-03-27 08:48:15