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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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骑英奔腾

铜虫 (小有名气)

[求助] pwscf运算过程中遇到的CRASH，求解决

我在计算过程中遇到这种CRASH的情况：
problems computing cholesky decomposition
请问这是什么回事
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1楼 2013-03-13 08:50:33
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gemucai

木虫 (正式写手)
原子挨得太近了，用XCRYSDEN检查一下
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2楼2013-03-13 10:03:15
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骑英奔腾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-13 10:03:15
原子挨得太近了，用XCRYSDEN检查一下

XCRYSDEN怎么检查出挨得太近，太远我知道会不成键。谢谢
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3楼2013-03-13 13:23:51
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 骑英奔腾 at 2013-03-13 13:23:51
XCRYSDEN怎么检查出挨得太近，太远我知道会不成键。谢谢...

一般出现problems computing cholesky decomposition是因为在优化过程中原子挨得太近，参见http://qe-forge.org/pipermail/pw_forum/2008-September/084655.html
当然，如果是赝势的问题就另当别论。还有，能给出输入文件吗？
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4楼2013-03-13 14:28:00
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骑英奔腾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-13 14:28:00
一般出现problems computing cholesky decomposition是因为在优化过程中原子挨得太近，参见http://qe-forge.org/pipermail/pw_forum/2008-September/084655.html
当然，如果是赝势的问题就另当别论。还有，能给出 ...

&control
    prefix='SCH3',
    calculation = "relax",
    restart_mode='from_scratch',
    pseudo_dir='/lustre/chengdj/pseudo',
    outdir='/lustre/chengdj/tmp',
/
&system   
    ibrav=0,
    nat=5,
    ntyp=3,
    ecutwfc = 40,
    ecutrho = 400,
    occupations='smearing',
    smearing='marzari-vanderbilt',
    degauss=0.002,
    nspin = 2,  
    starting_magnetization(1)=0.7,
    starting_magnetization(2)=0.7,
    starting_magnetization(3)=0.7,
/
&electrons
    conv_thr = 1.0e-6,
    mixing_mode='local-TF',
    mixing_beta = 0.1D0,
/
&IONS
  bfgs_ndim         = 3,
  pot_extrapolation = "second_order",
  wfc_extrapolation = "second_order",
/
CELL_PARAMETERS cubic
30.0  0.0  0.0
0.0 30.0  0.0
0.0  0.0 30.0
ATOMIC_SPECIES
C  12.010 C.pbe-rrkjus.UPF
S  32.070 S.pbe-van_bm.UPF
H  1.000  H.pbe-rrkjus.UPF
ATOMIC_POSITIONS angstrom
S        -1.79658497   1.27674743   .19925346
C        -.29557826    2.28143816    .31619436
H        -.48257659   3.16433075     1.01270872
H        .55603565   1.64569857      .72873392
H        -.01480890   2.66707342   -.71920603
K_POINTS gamma
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5楼2013-03-13 18:56:29
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gemucai

木虫 (正式写手)
兄弟，我为什么就没报错呢，刚才算完了。。。
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6楼2013-03-14 10:50:55
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gemucai

木虫 (正式写手)
我最后优化出的结果是：
ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
S       -1.789256032   1.296127205   0.176953214
C       -0.293208056   2.267175195   0.344084701
H       -0.463279038   3.153330828   0.976468398
H        0.561064900   1.677053597   0.710068139
H       -0.048834845   2.641601504  -0.669890021
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7楼2013-03-14 14:46:49
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骑英奔腾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-14 14:46:49
我最后优化出的结果是：
ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
S       -1.789256032   1.296127205   0.176953214
C       -0.293208056   2.267175195   0.344084701
H       -0.463279038   3.153330828   0.9764683 ...

谢谢你，我也算完了，没问题
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8楼2013-03-15 10:19:02
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骑英奔腾

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-14 14:46:49
我最后优化出的结果是：
ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
S       -1.789256032   1.296127205   0.176953214
C       -0.293208056   2.267175195   0.344084701
H       -0.463279038   3.153330828   0.9764683 ...

顺便问一下，能量算了多少
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9楼2013-03-15 10:20:07
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 骑英奔腾 at 2013-03-15 10:20:07
顺便问一下，能量算了多少...

输出文件我昨天晚上已经删掉了。。。
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10楼2013-03-15 10:30:42
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