应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber MD过程中原子跑出去了怎么解决? 拜托各位了。。
121/2返回列表12下一页
查看: 1988  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] amber MD过程中原子跑出去了怎么解决? 拜托各位了。。

之前的最小化和加热没有问题，MD的时候开始没有问题，后来发现到中途提示错误了，原因就是上一步的rst文件中存在星号，说明有原子跑出了范围。。我该怎么解决这个问题？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-12 10:03:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

d1023c

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-14 07:56:56
如果是真空模拟，ntb＝0 ，模拟无边界.
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-12 16:41:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by d1023c at 2013-03-12 16:41:05
如果是真空模拟，ntb＝0 ，模拟无边界.

这个我是设定了的...还是出现这种情况啊....
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-12 17:10:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxychris
4楼2013-03-12 17:48:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-14 07:57:07
如果有*号了 就没法继续往下算，加iwrap=1

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-14 06:13:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chenhang07 at 2013-03-14 06:13:36
如果有*号了 就没法继续往下算，加iwrap=1

我这个是真空的体系..不可以加iwrap=1的...不知道有没有其他的方法...
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-14 09:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

siyianhong

银虫 (小有名气)
帮顶。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼
7楼2013-03-14 10:06:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-14 09:44:24
我这个是真空的体系..不可以加iwrap=1的...不知道有没有其他的方法......

image  center 试试
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-15 20:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by chenhang07 at 2013-03-15 20:11:28
image  center 试试...

  这个是什么。。我真的不知道。。
赞一下 回复此楼
9楼2013-03-15 21:24:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-17 10:43:14
本帖仅楼主可见
赞一下
10楼2013-03-16 00:14:27
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
相关版块跳转 我要订阅楼主 lingogo 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 307求调剂 +9 冷笙123 2026-03-17 9/450 2026-03-19 22:44 by 学员8dgXkO
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +14 陌の森林 2026-03-18 14/700 2026-03-19 22:38 by 学员8dgXkO
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 274求调剂 +6 S.H1 2026-03-18 6/300 2026-03-19 09:34 by 花店相见
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 354求调剂 +4 Tyoumou 2026-03-18 7/350 2026-03-18 21:45 by Tyoumou
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +7 步川酷紫123 2026-03-13 7/350 2026-03-18 17:12 by 尽舜尧1
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭