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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber MD过程中原子跑出去了怎么解决? 拜托各位了。。
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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] amber MD过程中原子跑出去了怎么解决? 拜托各位了。。

之前的最小化和加热没有问题，MD的时候开始没有问题，后来发现到中途提示错误了，原因就是上一步的rst文件中存在星号，说明有原子跑出了范围。。我该怎么解决这个问题？
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1楼 2013-03-12 10:03:55
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d1023c

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-14 07:56:56
如果是真空模拟，ntb＝0 ，模拟无边界.
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2楼2013-03-12 16:41:05
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by d1023c at 2013-03-12 16:41:05
如果是真空模拟，ntb＝0 ，模拟无边界.

这个我是设定了的...还是出现这种情况啊....
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3楼2013-03-12 17:10:45
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xxychris
4楼2013-03-12 17:48:36
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chenhang07

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-14 07:57:07
如果有*号了 就没法继续往下算，加iwrap=1

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2013-03-14 06:13:36
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chenhang07 at 2013-03-14 06:13:36
如果有*号了 就没法继续往下算，加iwrap=1

我这个是真空的体系..不可以加iwrap=1的...不知道有没有其他的方法...
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6楼2013-03-14 09:44:24
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siyianhong

银虫 (小有名气)
帮顶。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2013-03-14 10:06:24
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chenhang07

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-14 09:44:24
我这个是真空的体系..不可以加iwrap=1的...不知道有没有其他的方法......

image  center 试试
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8楼2013-03-15 20:11:28
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by chenhang07 at 2013-03-15 20:11:28
image  center 试试...

  这个是什么。。我真的不知道。。
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9楼2013-03-15 21:24:28
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-17 10:43:14
本帖仅楼主可见
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10楼2013-03-16 00:14:27
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