应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber MD过程中原子跑出去了怎么解决? 拜托各位了。。
51/1返回列表
查看: 2031  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] amber MD过程中原子跑出去了怎么解决? 拜托各位了。。

之前的最小化和加热没有问题，MD的时候开始没有问题，后来发现到中途提示错误了，原因就是上一步的rst文件中存在星号，说明有原子跑出了范围。。我该怎么解决这个问题？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-12 10:03:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-14 09:44:24
我这个是真空的体系..不可以加iwrap=1的...不知道有没有其他的方法......

image  center 试试
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-15 20:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

d1023c

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-14 07:56:56
如果是真空模拟，ntb＝0 ，模拟无边界.
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-12 16:41:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by d1023c at 2013-03-12 16:41:05
如果是真空模拟，ntb＝0 ，模拟无边界.

这个我是设定了的...还是出现这种情况啊....
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-12 17:10:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenhang07

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-14 07:57:07
如果有*号了 就没法继续往下算，加iwrap=1

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-14 06:13:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 一志愿A区211，22408 321求调剂 +7 随心所欲☆ 2026-04-15 8/400 2026-04-21 08:22 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 一志愿沪9，生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭