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finesand

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何找到cytb全序列

是这样的,我用通用引物对总DNA提取物进行PCR一次,PCR电泳结果显示长度大约在1200bp左右,经华大基因公司双向测序,通测,获得1191bp的序列,但是我测的是Cytb全序列应该是1143bp才对,这接下来我应该怎样从1191bp的序列中获得我要的1143bp的cytb全序列呢?
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lhs521521

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看一下质粒图谱,找到酶切位点,双酶切再电泳分离!
寻找真正的自我!
2楼2013-03-08 09:41:25
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finesand

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lhs521521 at 2013-03-08 09:41:25
看一下质粒图谱,找到酶切位点,双酶切再电泳分离!

我做的是鸟类线粒体的Cytb基因,用的是鸟类线粒体基因的通用引物,请问质粒图谱用在这种情况合适吗?电泳分离?那分离后是不是还要测序呢?如果我将获得的1191bp做blast与已知序列比对,把前后的部分切掉这样可行吗?
3楼2013-03-08 13:24:20
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lhs521521

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by finesand at 2013-03-08 13:24:20
我做的是鸟类线粒体的Cytb基因,用的是鸟类线粒体基因的通用引物,请问质粒图谱用在这种情况合适吗?电泳分离?那分离后是不是还要测序呢?如果我将获得的1191bp做blast与已知序列比对,把前后的部分切掉这样可行吗 ...

哦,你没说清楚,我也误会了,我以为是在载体上连着呢,那样的话你的办法可行!不过我觉得你根据测序的结果找到ATG和TAA类似的起始或终止密码子不就可以确定了吗!
寻找真正的自我!
4楼2013-03-08 16:35:08
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