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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)

[求助] editconf 和pdb2gmx坐标转换错误

各位MD大侠，
最近准备在gromacs中建聚合物的top文件，于是采用一个CF3CF2CF2CF3的结构按照在rtp文件中添加残基的方式建立力场，这一块倒是成功了，初始pdb坐标为：
HETATM    1  C1  PSFB     1      -5.110   2.179  -2.411                       C
HETATM    2  C2  PSFB     1      -3.581   2.024  -2.520                       C
HETATM    3  F11 PSFB     1      -5.771   0.846  -2.466                       F
HETATM    4  F12 PSFB     1      -5.595   3.012  -3.547                       F
HETATM    5  F13 PSFB     1      -5.463   2.856  -1.130                       F
HETATM    6  F21 PSFB     1      -2.964   3.378  -2.469                       F
HETATM    7  F22 PSFB     1      -3.253   1.384  -3.825                       F
HETATM    8  C1  PSFE     2      -3.033   1.154  -1.366                       C
HETATM    9  F11 PSFE     2      -3.627  -0.210  -1.445                       F
HETATM   10  F12 PSFE     2      -3.386   1.771  -0.058                       F
HETATM   11  C2  PSFE     2      -1.498   1.031  -1.450                       C
HETATM   12  F21 PSFE     2      -1.099   0.398  -2.737                       F
HETATM   13  F22 PSFE     2      -1.019   0.186  -0.321                       F
HETATM   14  F23 PSFE     2      -0.871   2.379  -1.344                       F
END
执行
editconf -f psf.pdb -o psf.gro
后得到的gro文件如下：
S  C  A  M  O  R  G
   14
    0PSFB    C1    1  -0.511   0.000   0.900
    0PSFB    C2    2  -0.358   0.100   0.400
    0PSFB   F11    3  -0.577   0.100   0.600
    0PSFB   F12    4  -0.559   0.500   0.200
    0PSFB   F13    5  -0.546   0.300   0.600
    0PSFB   F21    6  -0.296   0.400   0.800
    0PSFB   F22    7  -0.325   0.300   0.400
    0PSFE    C1    8  -0.303   0.300   0.400
    0PSFE   F11    9  -0.362   0.700   0.000
    0PSFE   F12   10  -0.338   0.600   0.100
    0PSFE    C2   11  -0.149   0.800   0.100
    0PSFE   F21   12  -0.109   0.900   0.800
    0PSFE   F22   13  -0.101   0.900   0.600
    0PSFE   F23   14  -0.087   0.100   0.900
   0.00000   0.00000   0.00000
~
可以看到pdb和gro文件中y和z坐标值完全不一致，现在也不知道错误出在哪里？
执行pdb2gmx的屏幕输出为
Reading test3.pdb...
WARNING: all CONECT records are ignored
Read 14 atoms
Analyzing pdb file
Splitting chemical chains based on TER records or chain id changing.
There are 1 chains and 0 blocks of water and 0 residues with 14 atoms

  chain  #res #atoms
  1 ' '     2     14  


WARNING: there were 3 atoms with zero occupancy and 9 atoms with
         occupancy unequal to one (out of 14 atoms). Check your pdb file.

Opening force field file ./oplsaa_nafion.ff/atomtypes.atp
Atomtype 1
Reading residue database... (oplsaa_nafion)
Opening force field file ./oplsaa_nafion.ff/aminoacids.rtp
Residue 64
Sorting it all out...
Opening force field file ./oplsaa_nafion.ff/aminoacids.hdb
Opening force field file ./oplsaa_nafion.ff/aminoacids.n.tdb
Opening force field file ./oplsaa_nafion.ff/aminoacids.c.tdb

Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.1#
Processing chain 1 (14 atoms, 2 residues)
Warning: Starting residue PSFB0 in chain not identified as Protein/RNA/DNA.
Warning: Starting residue PSFE0 in chain not identified as Protein/RNA/DNA.
Problem with chain definition, or missing terminal residues.
This chain does not appear to contain a recognized chain molecule.
If this is incorrect, you can edit residuetypes.dat to modify the behavior.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully
Checking for duplicate atoms....
Now there are 2 residues with 14 atoms
Making bonds...
Warning: Long Bond (1-2 = 0.323042 nm)
Warning: Long Bond (1-3 = 0.861571 nm)
Warning: Long Bond (1-4 = 0.425705 nm)
Warning: Long Bond (1-5 = 0.532362 nm)
Warning: Long Bond (5-6 = 0.503829 nm)
Warning: Long Bond (8-9 = 0.568754 nm)
Warning: Long Bond (8-10 = 0.425705 nm)
Warning: Long Bond (8-11 = 0.603089 nm)
Warning: Long Bond (11-12 = 0.708237 nm)
Warning: Long Bond (11-13 = 0.512156 nm)
Warning: Long Bond (11-14 = 1.06482 nm)
Number of bonds was 14, now 13
Generating angles, dihedrals and pairs...
Before cleaning: 27 pairs
Before cleaning: 27 dihedrals
Keeping all generated dihedrals
Making cmap torsions...There are   27 dihedrals,    0 impropers,   24 angles
            27 pairs,       13 bonds and     0 virtual sites
Total mass 238.028 a.m.u.
Total charge -0.162 e
Writing topology

Back Off! I just backed up posre.itp to ./#posre.itp.1#

Writing coordinate file...
                --------- PLEASE NOTE ------------
You have successfully generated a topology from: test3.pdb.
The Oplsaa_nafion force field is used.
                --------- ETON ESAELP ------------

gcq#121: "Step On the Brakes" (2 Unlimited)
附件上传建立聚合物力场的的一个初始步骤，也供初学者参考
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    • 2013-02-28 15:08:17, 14.79 K

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1楼 2013-02-28 15:08:39
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:28:43
，发现为文件内部坐标位置的错误，在将pdb文件的第五列和第六列之间减少一个空格后，生成的gro文件就正常了，还是第一次遇到这种无厘头的错误。看来MS生成的pdb文件也应该小心
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2楼2013-03-01 13:48:12
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zxy964777869

铜虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 感谢分享经验！以 我自己的经验，别的软件生成的PDB 文件，再用VMD 处理一下，比如修改你所说的残基名等，再倒入到gromacs中，一般就不会出错了。VMD 生成的PDB 文件是标准的。 2013-03-01 14:46:09
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxy964777869 at 2013-03-01 13:48:12
，发现为文件内部坐标位置的错误，在将pdb文件的第五列和第六列之间减少一个空格后，生成的gro文件就正常了，还是第一次遇到这种无厘头的错误。看来MS生成的pdb文件也应该小心

主要错误时在对pdb文件的残基进行修改的时候将MOL换成PSFE等四个字符的残基，从而导致了pdb文件的数据格式出现混乱，造成了错误。误说成了MS的原因，在此改正
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3楼2013-03-01 13:59:59
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