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rainson1988

银虫 (初入文坛)

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虫号: 1044018
注册: 2010-06-19
专业: 理论和计算化学

[求助] 关于Implicit ligand sampling的问题！求助！

最近看了些关于MD模拟中用Implicit ligand sampling（姑且先翻译成：隐形配体采样）求气体分子在蛋白质中迁移路径的文章，不太能明白所说的方法，网上也找不到具体的教程。始终不明白的主要有以下几点：

1.文章多次提到隐形配体分子放在每个grid的网格点上，对于具体的一个的体系，这个网格点是如何生成的？气体分子如何做成implict配体后放在个grid point上的？这个和grid-SMD是一回事吗？

2.就是关于该模拟的configuration文件的设置和写法问题，没有模版，真心不懂啊！

还有很多其他问题，望大牛能给予指点，晚辈感激不尽啊