【答案】应助回帖

7楼2013-01-28 04:09:42

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ddll_slsl

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【答案】应助回帖

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zhihaikou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢在帮助看看 2013-01-26 15:55:35
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-26 18:24:03

如果是polymer，键的信息是要你输入的，程序无法改变。如果是用tersoff，airebo之类的，是否成键由原子间距决定，同力场有关， dump也是无法输出的。

2楼2013-01-26 15:26:05

匿名

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3楼2013-01-26 15:56:46

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xiaowu759

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【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-01-28 09:06:22

输出为pdb文件包含键连信息

4楼2013-01-26 18:46:57

匿名

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5楼2013-01-27 13:50:11

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xiaowu759

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引用回帖:

5楼: Originally posted by zhihaikou at 2013-01-27 13:50:11
lammps能直接输出pdb文件不？...

lammps是否能直接输出pdb不清楚，gromacs是可以的

6楼2013-01-27 19:09:57

zz575766

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7楼: Originally posted by Bessel at 2013-01-28 04:09:42
dump xyz 命令之后还要用 dump_modify element 命令来指明每个原子的种类，这样xzy文件里每个原子的种类就不是数字1，2，3，4，而是C， H, O,这类VMD可以识别的字母。然后VMD就可以自动判断是否成键。包你成功！！ ...

您好！我在用这个命令时候，出现错误，ERROR: Dump modify element names do not match atom types (../dump_xyz.cpp:108)

应该是格式不对，可以看你一下你的input 吗？十分感谢

8楼2019-05-22 16:31:43

nibhao

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求问楼主是怎么解决的？？？？

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9楼2019-11-03 12:38:26