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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 如何使dump文件中既包含原子信息也包含健信息？？？？？？
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匿名

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KOP
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1楼 2013-01-26 11:54:08
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhihaikou: 金币+2, ★★★很有帮助, 3Q。我尝试一下，如果可以，追加悬赏！！！ 2013-01-28 08:03:48
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-28 09:06:08
zhihaikou: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 果真好使，追加10个金币。非常感谢老兄！！！ 2013-01-28 17:18:48
zhihaikou: 回帖置顶 2013-01-28 17:19:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhihaikou at 2013-01-26 09:56:46
是水分子盒子。

dump xyz的话，在vmd中只能给出h和o原子，但无法给出他们之间的键...

dump xyz 命令之后 还要用 dump_modify element 命令来指明每个原子的种类，这样xzy文件里每个原子的种类就不是数字1，2，3，4，而是C， H, O,这类VMD可以识别的字母。然后VMD就可以自动判断是否成键。包你成功！！！

  element args = E1 E2 ... EN, where N = # of atom types
    E1,...,EN = element name, e.g. C or Fe or Ga
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7楼2013-01-28 04:09:42
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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zhihaikou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢在帮助看看 2013-01-26 15:55:35
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-26 18:24:03
如果是polymer，键的信息是要你输入的，程序无法改变。 如果是用tersoff，airebo之类的，是否成键由原子间距决定，同力场有关， dump也是无法输出的。
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2楼2013-01-26 15:26:05
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匿名

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3楼2013-01-26 15:56:46
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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zhihaikou: 金币+3, ★★★很有帮助, 3Q。在帮忙看看 2013-01-27 13:49:54
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-01-28 09:06:22
输出为pdb文件包含键连信息
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4楼2013-01-26 18:46:57
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匿名

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5楼2013-01-27 13:50:11
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhihaikou at 2013-01-27 13:50:11
lammps能直接输出pdb文件不？...

lammps是否能直接输出pdb不清楚，gromacs是可以的
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6楼2013-01-27 19:09:57
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zz575766

捐助贵宾 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Bessel at 2013-01-28 04:09:42
dump xyz 命令之后 还要用 dump_modify element 命令来指明每个原子的种类，这样xzy文件里每个原子的种类就不是数字1，2，3，4，而是C， H, O,这类VMD可以识别的字母。然后VMD就可以自动判断是否成键。包你成功！！ ...

您好！  我在用这个命令时候，出现错误，ERROR: Dump modify element names do not match atom types (../dump_xyz.cpp:108)

应该是格式不对，可以看你一下你的input 吗？ 十分感谢
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8楼2019-05-22 16:31:43
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nibhao

新虫 (著名写手)
求问楼主是怎么解决的？？？？

发自小木虫Android客户端
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越努力越幸运
9楼2019-11-03 12:38:26
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