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匿名

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KOP

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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
zhihaikou: 金币+2, ★★★很有帮助, 3Q。我尝试一下,如果可以,追加悬赏!!! 2013-01-28 08:03:48
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-28 09:06:08
zhihaikou: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 果真好使,追加10个金币。非常感谢老兄!!! 2013-01-28 17:18:48
zhihaikou: 回帖置顶 2013-01-28 17:19:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhihaikou at 2013-01-26 09:56:46
是水分子盒子。

dump xyz的话,在vmd中只能给出h和o原子,但无法给出他们之间的键...

dump xyz 命令之后 还要用 dump_modify element 命令来指明每个原子的种类,这样xzy文件里每个原子的种类就不是数字1,2,3,4,而是C, H, O,这类VMD可以识别的字母。然后VMD就可以自动判断是否成键。包你成功!!!

  element args = E1 E2 ... EN, where N = # of atom types
    E1,...,EN = element name, e.g. C or Fe or Ga
7楼2013-01-28 04:09:42
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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zhihaikou: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢在帮助看看 2013-01-26 15:55:35
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-26 18:24:03
如果是polymer,键的信息是要你输入的,程序无法改变。 如果是用tersoff,airebo之类的,是否成键由原子间距决定,同力场有关, dump也是无法输出的。
2楼2013-01-26 15:26:05
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匿名

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KOP

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3楼2013-01-26 15:56:46
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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zhihaikou: 金币+3, ★★★很有帮助, 3Q。在帮忙看看 2013-01-27 13:49:54
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-01-28 09:06:22
输出为pdb文件包含键连信息
4楼2013-01-26 18:46:57
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