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如何使dump文件中既包含原子信息也包含健信息??????
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1楼
2013-01-26 11:54:08
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引用回帖:
7楼
:
Originally posted by
Bessel
at 2013-01-28 04:09:42
dump xyz 命令之后 还要用 dump_modify element 命令来指明每个原子的种类,这样xzy文件里每个原子的种类就不是数字1,2,3,4,而是C, H, O,这类VMD可以识别的字母。然后VMD就可以自动判断是否成键。包你成功!! ...
您好! 我在用这个命令时候,出现错误,ERROR: Dump modify element names do not match atom types (../dump_xyz.cpp:108)
应该是格式不对,可以看你一下你的input 吗? 十分感谢
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8楼
2019-05-22 16:31:43
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很有帮助, 谢谢在帮助看看
2013-01-26 15:55:35
chaizhm: 金币+2, 谢谢~
2013-01-26 18:24:03
如果是polymer,键的信息是要你输入的,程序无法改变。 如果是用tersoff,airebo之类的,是否成键由原子间距决定,同力场有关, dump也是无法输出的。
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2楼
2013-01-26 15:26:05
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3楼
2013-01-26 15:56:46
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xiaowu759
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2013-01-27 13:49:54
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流
2013-01-28 09:06:22
输出为pdb文件包含键连信息
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4楼
2013-01-26 18:46:57
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