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summer2771

木虫 (正式写手)

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[交流] 蛋白质总量，变还是不变！？已有8人参与

请教大家的意见，经常可以看到论文中（包括学位论文），只做某些蛋白的磷酸化表达，而不做蛋白总量表达。是否可以理解为，某蛋白的总量跟内参一样，是相对恒定不变的，即便是有波动，但也并无显著性差异。由此则只要计算出磷酸化表达的相对量即可说明磷酸化率究竟是上升还是下调，从而表明该蛋白的变化。
我的实验中出现了有好多例都是各个组的蛋白总量也是有显著不同的，磷酸化表达也是不同的，我用磷酸化表达/总量表达的Ratio来说明问题，出现的趋势却可能是跟磷酸化、总量本身的变化趋势相反，即磷酸化、总量均上升，但是Ratio却可能是下调的。
看国外国内很多的论文，从条带上来看，基本上总量似乎是没有差异的。
我就有点纳闷了，难道我的实验出现了问题？

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1楼 2013-01-24 23:12:34

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summer2771

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引用回帖:

19楼: Originally posted by ccharlien at 2013-01-30 14:25:42
哈哈，我想人家不会质疑这个吧，毕竟western只是半定量方法，差个20%可信度可能还高点，你这差值这么小，没人在意的。
我都看糊涂了，磷酸化表达增加是因为磷酸化率增加了啊。在文章里如果你没有想好一个合理的说 ...

呵呵，我是这个意思，某个蛋白不是会有蛋白总量的抗体和磷酸化位点的抗体嘛。我是问有没有可能会蛋白总量的表达下降而用磷酸化位点做出来的表达却是上升趋势（磷酸化位点的表达/总量才是磷酸化或者说是磷酸化率呗，前面我没说清楚吧）。
虽然WB只是个半定量的东西，很多影响因素，但是他的倍数趋势我觉得应该是肯定的，所以不太理解会不会出现蛋白总量减少（倍数小于1），而磷酸化位点的表达却升高（大于1）