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summer2771

木虫 (正式写手)

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[交流] 蛋白质总量，变还是不变！？已有8人参与

请教大家的意见，经常可以看到论文中（包括学位论文），只做某些蛋白的磷酸化表达，而不做蛋白总量表达。是否可以理解为，某蛋白的总量跟内参一样，是相对恒定不变的，即便是有波动，但也并无显著性差异。由此则只要计算出磷酸化表达的相对量即可说明磷酸化率究竟是上升还是下调，从而表明该蛋白的变化。
我的实验中出现了有好多例都是各个组的蛋白总量也是有显著不同的，磷酸化表达也是不同的，我用磷酸化表达/总量表达的Ratio来说明问题，出现的趋势却可能是跟磷酸化、总量本身的变化趋势相反，即磷酸化、总量均上升，但是Ratio却可能是下调的。
看国外国内很多的论文，从条带上来看，基本上总量似乎是没有差异的。
我就有点纳闷了，难道我的实验出现了问题？

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1楼 2013-01-24 23:12:34

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summer2771

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引用回帖:

11楼: Originally posted by ccharlien at 2013-01-26 04:34:42
也可以说明问题啊
如果内参不变，而蛋白总量和磷酸化水平都增高，虽然是同向的，也就是说磷酸化的比例不变，但绝对水平上来说翻译和翻译后修饰都是增高的
1.分光光度计测的不一定准，最后还是以western跑出来的内 ...

另外请教一下，是否会出现这种情况：蛋白总量呈下降趋势，比如与对照组相比倍数为0.93、0.95倍，但是磷酸化表达却是升高的比如1.1或1.2倍
这样的话，用磷酸化/总量，出来的倍数则会大于磷酸化/内参所表现出的1.1或1.2倍，比如达到1.4或1.5倍。我简单列个表在下面以方便你看：
相对倍数对照处理组1  处理组2
总量       1       0.93    0.95
磷酸化 1       1.20    1.10
磷/总    1       1.40    1.50
总量均值为0.93、95，一个one way anova比较均值，是无显著性差异的，所以就是所说的总量不变。但是从趋势上看，处理组的总量是下降的。但磷酸化表达都是升高的！势必最后的磷酸化/总量会升的更高。