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shiliyusly新虫 (小有名气)
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[求助]
还是QPCR
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大家好！我现在刚接触QPCR，看了大量资料，还有一点不是很清楚，还请高手指点啊。。。。 优化QPCR条件的时候，要看溶解曲线是不是单峰，还要看扩增效率是否在90%-110%，最后跑电泳看是否是自己要的条带，这是完整的过程。可是问题是，我要做的基因有10几个，那么是不是每个基因都要做5个浓度梯度扩增效率曲线呢，这样一来昂贵的进口试剂用的超级快啊，有点扛不牢啊，想问说是不是溶解曲线好的并且是用的别人文献发表过的引物（但是退火温度可能不一样），扩增效率曲线是不是就不用做了呢？ 不知道大家是怎么个程序呀？ |
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cicelyzh
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【答案】应助回帖
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shiliyusly: 金币+2, ★有帮助 2013-01-25 16:01:47
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扩增效率100%是保证含量与CT之间的关系成2的幂，也是用CT来衡量模板含量的理论依据，同时也测定了模板量与CT符合这个关系的范围，所以说做定量这个是应该做的。扩增效率太高或者太低都说明2^（-CT）值已经不能很好的衡量模板量。这个从计算已经出现了偏差，也就是说样品之间相差1CT，表达量不是成2倍关系。从理论上和实际上都说不过去的吧。 至于提到的内参CT值一致，这个则说明样品的内参表达稳定，内参实际上就是要起到这个作用的。内参CT一致只能说明反转录时样品定量准确，这个内参基因选取是很适当的。这个对定量来说当然是很好的，但是这并不能取代做扩增效率。 |
10楼2013-01-25 14:09:03
cicelyzh
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【答案】应助回帖
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| 优化条件时首先要看熔解曲线是否是单峰。多峰的话说明有非特异扩增或者引物二聚体，这样肯定不适宜做定量的。扩增效率也是需要测的。如果你用了别人发表的引物采取不同的退火温度，扩增效率在不同的温度下可能会有不同，所以不能省略扩增效率曲线。基因多也是没有办法的，每对引物都要做扩增效率曲线的。 |
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shiliyusly2楼2013-01-25 08:16:45
shiliyusly
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我昨天做了2个基因的扩增效率曲线，ACT(内标基因)，F3'H，这2个基因都有点小峰，ACT效率有140%，F3'H只有80%。唉，这2个基因都是直接拿别人文献用的，却是这个效果。 3楼2013-01-25 09:38:00
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【答案】应助回帖
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优化QPCR条件的时候，要看溶解曲线是不是单峰，还要看扩增效率是否在90%-110%，最后跑电泳看是否是自己要的条带，这是完整的过程。 是的。 可是问题是，我要做的基因有10几个，那么是不是每个基因都要做5个浓度梯度扩增效率曲线呢，这样一来昂贵的进口试剂用的超级快啊，有点扛不牢啊， 每个基因必须做梯度做一个标准曲线，包括你的基因和内参基因的，这些基因或许可用同一个内参（具体咨询你们领域的乡亲们需要） 想问说是不是溶解曲线好的并且是用的别人文献发表过的引物（但是退火温度可能不一样），扩增效率曲线是不是就不用做了呢？ 还是要做，不同机器，不同公司的CHMICAL都有差异。 |
4楼2013-01-25 10:15:58
