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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 只知道单胞参数和组成晶体的分子的结构，不知道单晶结构时，如何用MS构建晶体模型？
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wanlichuan

木虫 (著名写手)

[求助] 只知道单胞参数和组成晶体的分子的结构，不知道单晶结构时，如何用MS构建晶体模型？

如题，我只知道一种晶体的单胞参数和组成该晶体的分子的结构，但不知道单晶结构，该如何用Materials Studio构建晶体模型呢？MS说明书“Building a starting model”部分说，分为以下四个步骤：
    1、Build an empty unit cell using information obtained from indexing the experimental powder pattern and by determining the space group. （根据单胞参数构建一个空单胞）。
    2、In one or more separate 3D model documents, construct models for the molecules and/or atoms that form the asymmetric unit of the crystal.（在另一个3D模型文件中画出分子结构）。
    3、Define the structural degrees of freedom for each of the fragments in the asymmetric unit. （确定非对称单元的结构自由度）。
    4、Build an initial crystal structure by copying the molecules and/or atoms that form the asymmetric unit from their 3D model documents into the empty lattice constructed in steps 1 and 2 above. Use the “Edit/Copy”and “Edit /Paste” commands to do this. （把2步骤里画好的分子结构拷进1步骤里建好的空单胞中）。
    There are no limits on the unit cell size or on the number of atoms in the unit cell.

        我遇到的问题主要在第4步，在用复制-粘贴命令的时候，发现粘贴过去会出现好几个非对称单元的结构（常常是4个），造成单胞中非常拥挤，就算用鼠标拖开，后面用forcite优化的时候，还是会到一起去，并且没办法删掉其中一个，因为这四个其实是通过对称性联系起来的，删一个就全部消失。我的问题是，这一步有没有办法控制非对称单元的个数（即通常说的Z值）？难道最少是4个吗？当然我想少一些（想多很容易，多复制-粘贴几次就可以了），比如想控制Z=1或Z=2，怎么办？
    期待高手解答。非常感谢。
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多谢月相怜，今宵不忍圆。
1楼2013-01-22 23:04:59
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wanlichuan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-01-23 09:54:49
应该有这方面相关的文献！不知道你建立的是什么晶体单胞？建立的单胞以后用作什么？我们课题组做的，先建立单胞再建立超晶胞之后在往里加层间粒子。

这样不行，在建好的单胞的基础上，再建超晶胞，空间群就会发生改变，都变成P1了。不是原来建立的空间群，算下去就没意义了。
    我建的是一种新化合物的晶胞。文献上没有讲这些的，这应该都是基本操作。
    谢谢您的回复。
   
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多谢月相怜，今宵不忍圆。
3楼2013-01-23 19:24:10
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
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wanlichuan: 金币+1, ★有帮助, 谢谢参与，非常感谢。 2013-01-23 23:15:49
应该有这方面相关的文献！不知道你建立的是什么晶体单胞？建立的单胞以后用作什么？我们课题组做的，先建立单胞再建立超晶胞之后在往里加层间粒子。
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2楼2013-01-23 09:54:49
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wanlichuan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tylgd2011 at 2013-01-23 09:54:49
应该有这方面相关的文献！不知道你建立的是什么晶体单胞？建立的单胞以后用作什么？我们课题组做的，先建立单胞再建立超晶胞之后在往里加层间粒子。

对了，填上分子后，还有没有办法把P1空间群的单胞再改成高对称的空间群呢？如果能这样也行。
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多谢月相怜，今宵不忍圆。
4楼2013-01-23 19:28:07
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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
wanlichuan: 金币+1, ★有帮助, 谢谢参与，非常感谢。 2013-01-23 23:16:19
我们模拟的就是p1空间群的，想你这样的还没碰到过。也不知道你是什么物质的构型，这方面国内没有国外的文献也没有吗？
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5楼2013-01-23 22:12:46
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