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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16s rDNA序列与多个属都有高达95%以上的一致性
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秋歌

铜虫 (小有名气)

[求助] 16s rDNA序列与多个属都有高达95%以上的一致性

我对分离到的细菌进行16s rDNA序列测定，结果与好几个种属的菌都有很高的一致性（比如Altererythrobacter sp. (98%) Erythrobacteraceae bacterium (99%)，Novosphingobium sp. (98%)），如何进一步鉴定确认其种属分类？
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1楼 2013-01-15 15:38:22
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zjwsw

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2013-01-15 20:47:47
建议可按传统细菌鉴定方法做进一步的分类。若有困难就到我做这里来鉴定（要收费的）。
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2楼2013-01-15 19:14:49
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果是单向测序，建议双向测序；
没准这几类细菌分类相近，没准曾经被分为一类或者到现在都分的不清楚；

再就是做传统生化鉴定或者脂肪酸测定。
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环境卫生、微生物学、卫生应急
3楼2013-01-16 00:37:44
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weebug

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做看生化检测，有资金的话，可用API或Biolog. 另外，若此菌种有特属基因，可pcr此片段。
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天蓝蓝兮日头晒
4楼2013-01-16 09:55:51
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普通回帖

55晴朗天天

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
双向测序试试，你是在GENBANK里面比的吗？可以换个库，再比比看~
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有梦就有希望！想就有可能！
5楼2013-01-16 13:36:58
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秋歌

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 55晴朗天天 at 2013-01-16 13:36:58
双向测序试试，你是在GENBANK里面比的吗？可以换个库，再比比看~

双向比对仍有多个属有高一致性

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2013-01-16 22:03:15
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秋歌

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zjwsw at 2013-01-15 19:14:49
建议可按传统细菌鉴定方法做进一步的分类。若有困难就到我做这里来鉴定（要收费的）。

请问收费多少？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2013-01-16 22:04:06
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秋歌

铜虫 (小有名气)
16s 有很多对引物，是否换一对再测会有用？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼2013-01-16 22:07:04
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xiaoyu1014126

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以选择再做一个biolog。或者你扩增出的16S rRNA基因是否克隆到克隆载体上以后再测序，还是PCR纯化产物直接测序，最好采用前一种克隆方法
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9楼2013-01-16 22:37:32
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zhaoghit

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
结合一下Biolog鉴定结果，应该不难确定。
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天道酬勤！
10楼2013-01-17 09:15:56
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