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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 新手求助PCR产物Blast问题，先谢谢大家了
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18988582

银虫 (正式写手)

[求助] 新手求助PCR产物Blast问题，先谢谢大家了

目的基因是HSP90
我在NCBI设计了一对引物，产物长度大概为300bp，但是跑出来的结果，电泳显示为500bp，拿去测序发现结果为500bp，在ncbi上进行比对，结果显示为下图，中间有一个GAP，求问为什么呢？

还有一个问题是正向测序和反向测序结果有什么区别，我两个方向都测了，结果不太一样啊！

反向测序结果.jpg



正向测序.jpg
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坚持我的！
1楼 2013-01-12 16:01:51
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18988582

银虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by wcg129 at 2013-01-14 08:56:34
模板是什么？DNA还是RNA？如果是DNA是否有内含子？

一般来说前面一段是你的目的基因，后面应该就是你的基因了，没见过前一段正常扩增，后一段非特异性扩增

用GAP设计引物验证，能扩出来说明就是你这个物种的 ...

恩，楼上说的很好！我的模板是DNA，设计引物的模板序列是转录组测序拼接得到的序列！谢谢，我再进一步验证一下！

会不会是拼接的问题呢？
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坚持我的！
12楼2013-01-15 15:10:17
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夏尔list

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引物不好吧，扩出非特异性条带了。
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2楼2013-01-12 16:22:13
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18988582

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 夏尔list at 2013-01-12 16:22:13
引物不好吧，扩出非特异性条带了。

谢谢回复，产物测序后有部分序列比对是正确的啊。我做的这个生物的HSP90在ncbi上没有数据。

你看主要还是引物问题吗？
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坚持我的！
3楼2013-01-12 16:24:28
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夏尔list

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

300bp的话，不知道是连载体测，还是直接PCR产物测的。一般测序引物那段几十bp测不出来的。
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4楼2013-01-12 16:27:09
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