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晶晶虫

金虫 (小有名气)

[求助] 关于ChIP染色质免疫沉淀技术的疑惑

最近在研究DNA和蛋白质相互作用的ChIP技术,实验室内和周围实验室都没有人做过,有个问题:我看文章上基本上的实验步骤是用甲醛完成DNA和protein在动植物体内的交联,之后提取染色质,在超声破碎后用所要研究的蛋白质的特异性抗体做免疫沉淀,DNA-protein复合物提取出来之后再解交联,然后DNA拿去测序或者microarray.

看文献中的方法都是做的体内实验,有没有可能我直接提取植物DNA,然后加上我的自己在E,coli中表达纯化的重组蛋白体外交联,然后利用我重组蛋白上的His-tag的抗体直接免疫沉淀DNA和蛋白复合物,或者用NI柱纯化呢???
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
晶晶虫: 金币+5 2013-01-10 23:54:17
crosslinking可以做in vitro实验。不过体外实验的假象多。
2楼2013-01-10 07:10:40
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zhang881007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
晶晶虫: 金币+3 2013-01-10 23:54:24
如果你要试试的话,我建议你用无细胞翻译体系,而不是Ecoli.否则你的实验假象太大,发布了好文章。
shine
3楼2013-01-10 10:48:35
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晶晶虫

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-10 07:10:40
crosslinking可以做in vitro实验。不过体外实验的假象多。

恩呵, 你知道有人这样做过么,有没有参考文献呢哇?
4楼2013-01-10 16:55:35
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
晶晶虫: 金币+2 2013-01-14 17:13:31
引用回帖:
4楼: Originally posted by 晶晶虫 at 2013-01-10 16:55:35
恩呵, 你知道有人这样做过么,有没有参考文献呢哇?...

有人这么做的。不过都是结合一些特定的体内实验来补充验证interaction的。我自己不做这个,见到有些文献里有说到,没仔细研究过这个方法。
5楼2013-01-11 08:36:09
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圈圈媛媛

铁虫 (初入文坛)

我也想近期做ChIP,但是之前实验室没人做过,所以特别不了解,请问染色质免疫共沉淀中沉淀的蛋白要再进行western检测么?还是说能够沉淀就证明有相关蛋白的存在?
6楼2013-03-22 21:42:45
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prthefu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 圈圈媛媛 at 2013-03-22 21:42:45
我也想近期做ChIP,但是之前实验室没人做过,所以特别不了解,请问染色质免疫共沉淀中沉淀的蛋白要再进行western检测么?还是说能够沉淀就证明有相关蛋白的存在?

你好,请问下,你现在做chip如何了呢?
相信应该也有很多经验了吧,不知能否指导一下我这个小白呢?
nothing is impossible in this world,if you have the will to win,you can achieve anything
7楼2019-09-26 12:33:41
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