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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] ONIOM电荷设置问题

最近我在计算分子内电荷转移的问题，想利用高斯的layer来计算，准备把一个分子分成三部分，这三部分都是QM的计算。
但是我看说明书一直没明白其中的一些概念。最主要的是不知道怎么填写电荷和自旋的那一栏。
说明书中是这么说的：
Values and defaults for three-layer ONIOM calculations follow an analogous pattern (in the subscripts below, the first character is one of: Real, Int=Intermediate system, and Mod=Model system, and the second character is one of: H, M and L for the High, Medium and Low levels):
cRealL  sRealL   [cIntM   sIntM   [cIntL  sIntL  [cModH  sModH   [cModM sModM   [cModL  sModL]]]]]

我能明白的就是这里的real system只的就是我们模拟的整个的体系，但是不明白那个Intermediate system 和Model system指的是什么，在网上搜了也没找见，看文章的话估计得话很多时间才能明白，各位同仁能不能指点下呢？
下面是我做的一个分子，分成三层，我想设置的是Low这层带一个负电荷，M层带一个正电荷，H层不带电荷，总体也是不带电荷的。大家觉得我应该怎么设置呢？

%nprocshared=4
%chk=E:\cooperation\cnn\SYS-after.chk
# oniom(b3lyp/6-31g(d):b3lyp/6-31g(d):b3lyp/6-31g(d))

sys

-1 2 1 2 1 2 0 1 0 1 0 1
C                0   -5.80978800   -0.70835900   -0.98827500 M
C                0   -4.69805200   -1.40248800   -0.56586200 M
C                0   -3.53582800   -0.71606100   -0.12291700 M
C                0   -3.53571800    0.71609900   -0.12332600 M
C                0   -4.69780600    1.40245400   -0.56674200 M
C                0   -5.80971100    0.70826300   -0.98858900 M
C                0   -2.36897800    1.39771200    0.31449900 M
C                0   -1.25423500    0.71369800    0.74485100 M H 14
C                0   -1.25430400   -0.71351500    0.74514700 M H 11
C                0   -2.36918700   -1.39760300    0.31527100 M
C                0   -0.00000400   -1.41705800    1.22539400 H
C                0    1.25418500   -0.71353900    0.74481600 L H 11
C                0    1.25427300    0.71367600    0.74486600 L H 14
C                0    0.00002100    1.41731600    1.22510900 H
C                0    2.36922400    1.39767100    0.31501900 L
C                0    3.53581900    0.71603300   -0.12313800 L
C                0    3.53560200   -0.71612400   -0.12351900 L
C                0    2.36889700   -1.39764100    0.31453400 L
C                0    4.69768300   -1.40257200   -0.56679500 L
C                0    5.80973100   -0.70846900   -0.98841600 L
C                0    5.80993800    0.70814700   -0.98806800 L
C                0    4.69811300    1.40236400   -0.56605000 L
H                0   -6.69272400   -1.24575500   -1.32386400 M
H                0   -4.69490400   -2.49020600   -0.56581300 M
H                0   -4.69456200    2.49017000   -0.56712600 M
H                0   -6.69249900    1.24560600   -1.32464900 M
H                0   -2.36627500    2.48628700    0.30286100 M
H                0   -2.36660200   -2.48618400    0.30411800 M
H                0    0.00016800   -1.42797900    2.32895900 H
H                0   -0.00008100   -2.46641500    0.91176500 H
H                0    0.00001000    2.46660900    0.91129000 H
H                0    0.00003700    1.42844500    2.32867700 H
H                0    2.36673100    2.48625200    0.30387300 L
H                0    2.36616200   -2.48621800    0.30304300 L
H                0    4.69437800   -2.49028800   -0.56710200 L
H                0    6.69264100   -1.24588400   -1.32404100 L
H                0    6.69306500    1.24547000   -1.32327000 L
H                0    4.69521300    2.49008100   -0.56558100 L
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
1楼 2013-01-07 13:54:45
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kaegi

金虫 (小有名气)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2013-01-07 22:06:58
你的ONIOM分层电荷和自旋指定应该没有问题，因为GaussianView打开后可以看到的确显示的是低层电荷-1，中层电荷+1，就相信系统默认的吧。不过我不确定你用分层计算是否能说明电荷转移的问题。
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2楼2013-01-07 21:50:26
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kaegi at 2013-01-07 21:50:26
你的ONIOM分层电荷和自旋指定应该没有问题，因为GaussianView打开后可以看到的确显示的是低层电荷-1，中层电荷+1，就相信系统默认的吧。不过我不确定你用分层计算是否能说明电荷转移的问题。

谢谢，昨天发完贴不就，就意识到我理解错了，layer的概念与我想的完全不一样。
现在在试fragment，对高斯不熟，摸起来慢呀，
谢谢回复！
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2013-01-08 09:44:41
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