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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】【求助】UFF方法计算吡啶咋分子筛上吸附时遇到的问题
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pottery1314

[交流] 【求助】【求助】UFF方法计算吡啶咋分子筛上吸附时遇到的问题 已有2人参与

我想计算吡啶在不同分子筛上的吸附情况，采用的是ONIOM方法计算。算了两组数据。方法一，是高层用B3LYP/6-31G(D,P)，低层用UFF方法计算。方法二，高层仍然是B3LYP/6-31G(D,P)，而低层用的HF/3-21G。这两种方法计算出来的情况差别很大，方法一计算的吡啶没有吸附在分子筛上，而方法二计算的吡啶吸附在分子筛上。我想了解是不是我UFF计算方法没有掌握？用UFF计算时，有什么特殊的需要注意的地方吗？下面发一个我UFF方法计算时的GJF文件，有什么需要修改的地方，麻烦各位高手给我指出来，我是新手。先谢谢大家了。

%chk=1.chk
%nproc=4
# opt oniom(b3lyp/6-31g(d,p):uff)

Title Card Required

0 1 0 1 0 1
Si-Si3          -1    5.290513    0.237391   -1.653364 L
Si-Si3          -1    4.374513   -2.626609   -2.417364 L
Si-Si3           0    1.844513   -4.325609   -1.554364 H
O-O_3           -1    4.522513   -1.108609   -2.001364 L
O-O_3           -1    2.912513   -3.182609   -1.957364 L H-H_      3
H-H_            -1    2.332513   -5.685609   -1.738364 H
H-H_            -1    5.428513   -3.352609   -1.672364 L
H-H_            -1    4.323513   -2.601609   -3.896364 L
H-H_            -1    6.580513    0.035391   -2.350364 L
Si-Si3          -1   -2.774487   -2.882609   -4.443364 L
Si-Si3          -1   -0.148487   -4.335609   -3.821364 H
H-H_            -1   -3.775487   -3.766609   -3.806364 L
O-O_3           -1   -1.350487   -3.293609   -3.806364 L H-H_     11
H-H_            -1   -0.773487   -5.657609   -4.050364 H
H-H_            -1   -2.912487   -3.093609   -5.901364 L
O-O_3            0    0.466513   -4.242609   -2.342364 H
H-H_            -1    0.896513   -4.267609   -4.866364 H
O-O_3           -1   -3.026487   -1.372609   -4.179364 L
Si-Si3          -1   -4.052487    0.003391    3.701636 L
Si-Si3          -1   -3.066487    2.861391    4.296636 L
Si-Si3          -1   -0.583487    4.468391    3.635636 L
O-O_3           -1   -3.283487    1.387391    3.558636 L
O-O_3           -1   -1.700487    3.370391    3.614636 L
H-H_            -1   -1.270487    5.776391    3.544636 L
H-H_            -1   -4.241487    3.668391    3.901636 L
H-H_            -1   -3.083487    2.743391    5.771636 L
O-O_3           -1   -4.856487   -0.032609    2.398636 L
H-H_            -1   -5.027487   -0.270609    4.780636 L
Si-Si3          -1   -6.140487    0.071391    1.454636 L
Si-Si3          -1    4.100513    3.017391    2.277636 L
Si-Si3          -1    1.550513    4.572391    1.368636 L
H-H_            -1   -6.593487    1.428391    1.833636 L
H-H_            -1    5.143513    3.809391    1.588636 L
H-H_            -1   -7.193487   -0.954609    1.621636 L
O-O_3           -1    2.708513    3.607391    2.017636 L
H-H_            -1    1.971513    5.988391    1.449636 L
H-H_            -1    4.182513    3.298391    3.728636 L
H-H_            -1    0.290513    4.399391    4.827636 L
O-O_3           -1    0.317513    4.144391    2.334636 L
O-O_3           -1    4.311513    1.543391    1.786636 L
Si-Si3          -1   -4.028487   -0.137609   -3.847364 L
Si-Si3          -1   -3.038487    2.696391   -4.541364 L
Si-Si3          -1   -0.560487    4.328391   -3.925364 L
O-O_3           -1   -3.261487    1.251391   -3.750364 L
O-O_3           -1   -1.677487    3.231391   -3.870364 L
H-H_            -1   -1.088487    5.708391   -3.857364 L
H-H_            -1   -4.125487    3.627391   -4.162364 L
H-H_            -1   -2.906487    2.602391   -6.012364 L
O-O_3           -1   -4.841487   -0.124609   -2.548364 L
H-H_            -1   -5.025487   -0.469609   -4.889364 L
Si-Si3          -1   -6.131487    0.014391   -1.616364 L
Si-Si3          -1    4.114513    2.929391   -2.485364 L
Si-Si3          -1    1.559513    4.516391   -1.650364 L
H-H_            -1   -6.584487    1.374391   -1.984364 L
H-H_            -1    5.213513    3.636391   -1.790364 L
H-H_            -1   -7.183487   -1.017609   -1.752364 L
O-O_3           -1    2.721513    3.527391   -2.256364 L
H-H_            -1    2.096513    5.894391   -1.705364 L
H-H_            -1    4.212513    2.981391   -3.961364 L
H-H_            -1    0.442513    4.241391   -5.010364 L
O-O_3           -1    0.332513    4.052391   -2.608364 L
O-O_3           -1    4.322513    1.473391   -1.938364 L
Si-Si3          -1    5.280513    0.297391    1.553636 L
Si-Si3          -1    4.360513   -2.536609    2.417636 L
Al-Al3           0    1.856513   -4.314609    1.695636 H
O-O_3           -1    4.510513   -1.035609    1.945636 L
O-O_3            0    2.964513   -3.120609    1.895636 L H-H_     65
H-H_            -1    2.445513   -5.653609    1.961636 H
H-H_            -1    5.417513   -3.289609    1.706636 L
H-H_            -1    4.299513   -2.456609    3.894636 L
H-H_            -1    6.618513    0.326391    2.186636 L
Si-Si3          -1   -2.801487   -2.717609    4.407636 L
Si-Si3          -1   -0.172487   -4.192609    3.855636 H
H-H_            -1   -3.720487   -3.702609    3.791636 L
O-O_3           -1   -1.374487   -3.152609    3.794636 L H-H_     73
H-H_            -1   -0.798487   -5.505609    4.130636 H
H-H_            -1   -2.767487   -2.859609    5.879636 L
O-O_3            0    0.304513   -4.170609    2.327636 H
H-H_            -1    0.866513   -4.085609    4.904636 H
O-O_3           -1   -3.051487   -1.218609    4.085636 L
O-O_3           -1    5.559513    0.470391   -0.053364 L
O-O_3            0    1.217513   -4.116609   -0.029364 H
O-O_3           -1    1.064513    4.677391   -0.145364 L
O-O_3           -1   -5.709487   -0.023609   -0.078364 L
H-H_             0    0.349513   -3.678609    0.032636 H
H-H_             0   -1.197487   -3.204609    2.335636 H
C-C_3            0   -1.047487   -2.337609    1.684636 H
C-C_3            0   -1.854487   -1.213609    1.827636 H
C-C_3            0   -1.664487   -0.111609    0.998636 H
C-C_3            0   -0.668487   -0.134609    0.028636 H
C-C_3            0    0.137513   -1.259609   -0.114364 H
N-N_3            0   -0.051487   -2.360609    0.713636 H
H-H_             0   -0.519487    0.732391   -0.623364 H
H-H_             0   -2.637487   -1.195609    2.591636 H
H-H_             0   -2.298487    0.773391    1.111636 H
H-H_             0    0.921513   -1.277609   -0.878364 H

不胜感激

[ Last edited by pottery1314 on 2010-5-10 at 11:08 ]
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1楼 2010-05-10 09:17:47
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pottery1314

..... 没人知道么
赞一下 回复此楼
2楼2010-05-12 11:15:44
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ybyygu

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yzcluster(金币+1): 2010-05-12 17:59:28
吡啶是离子型吸附, 和分子筛壁主要静电相互作用. UFF力场没有定义分数电荷, 所以无法描述静电相互作用. 在ONIOM计算里低层用UFF显示是个很差的选择. 相对而言, 低层用HF的结果更可靠些
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-05-12 13:28:27
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ybyygu

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yzcluster(金币+2): 2010-05-12 17:59:34
在你的GJF文件里, UFF设置至少有两处不妥当:
1. O原子的类型应该统一为O_3_z, 这是专用于分子筛的原子类型.
2. 对于你这个体系, 必须指定分数电荷, QEQ可能会是一个选择, 但不会是一个好的选择, Gaussian里的QEQ优化有些tricky, 同时ONIOM的静电嵌入处理挺脏的. 建议你低层用QM方法, 至少可以试试MNDO, 虽然结果未必会好到哪里去, 但误差还是可控的.
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-05-12 13:35:53
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pottery1314

引用回帖:
Originally posted by ybyygu at 2010-05-12 13:28:27:
吡啶是离子型吸附, 和分子筛壁主要静电相互作用. UFF力场没有定义分数电荷, 所以无法描述静电相互作用. 在ONIOM计算里低层用UFF显示是个很差的选择. 相对而言, 低层用HF的结果更可靠些

哦  谢谢
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5楼2010-05-12 16:11:52
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pottery1314

引用回帖:
Originally posted by ybyygu at 2010-05-12 13:35:53:
在你的GJF文件里, UFF设置至少有两处不妥当:
1. O原子的类型应该统一为O_3_z, 这是专用于分子筛的原子类型.
2. 对于你这个体系, 必须指定分数电荷, QEQ可能会是一个选择, 但不会是一个好的选择, Gaussian里的QE ...

谢谢你的意见
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6楼2010-05-12 16:12:55
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