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dongrh1981

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
7楼: Originally posted by jasminezhao at 2013-01-05 09:23:00
我是用试剂盒提的,以前体的质粒浓度都是四五百,但是这两回都是几十,而且以前测序得到的结果是一千四五百个bp,但是这两回都是三四百个,所以我也不知道哪个是正确的了。求解答,谢谢!!...

测序返回的结果可能有1.4~1.5kb,但是能够清楚辨识并且有效和正确的序列一般只有700nt~800nt左右,一个测序反应一般有效读长只有700nt左右,这是业内公认的,也是目前应用sanger测序法仪器的性能极限。
呼吸的痛
11楼2013-01-06 11:29:52
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xingxingsf

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by jasminezhao at 2013-01-05 10:03:46
恩,知道了谢谢。还有就是拿到序列结果后怎么进行分析啊,我不太会分析事与原序列比对吗?...

拿到序列结果后只要和原序列进行Blast就可以了。完全一致就能进行下面的实验了。Blast的方法很容易,百度有很多介绍,你可以自学一下。或者问师兄师姐,更快些。
12楼2013-01-06 13:38:20
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jasminezhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by xingxingsf at 2013-01-06 13:38:20
拿到序列结果后只要和原序列进行Blast就可以了。完全一致就能进行下面的实验了。Blast的方法很容易,百度有很多介绍,你可以自学一下。或者问师兄师姐,更快些。...

恩恩,我百度一下看看,谢谢你!!
13楼2013-01-07 08:55:05
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jasminezhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by dongrh1981 at 2013-01-06 11:29:52
测序返回的结果可能有1.4~1.5kb,但是能够清楚辨识并且有效和正确的序列一般只有700nt~800nt左右,一个测序反应一般有效读长只有700nt左右,这是业内公认的,也是目前应用sanger测序法仪器的性能极限。...

恩,但是我想知道的是为什么相同的治理测的结果相差这么大,就是之前得到了一千四五百bp么后来去测就得到三四百bo,想请教一下是什么原因,谢谢!!
14楼2013-01-07 08:57:06
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jasminezhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-05 12:44:38
是什么载体?不同载体的复制子不一样,拷贝数也不同。此外,是不是抗生素失效了。如果抗生素压力小,质粒的拷贝数也上不去。还有,你的平板在4度放了很久吗?时间久了菌的活力下降,提质粒的时候浓度也上不去。至于 ...

用的是大肠杆菌,抗生素的浓度是200mg/ml,应该不能失效,平板方的时间也不是很长。还有就是你们一般测序是给公司提供的引物是用自己的还是用公司通用的?一般用一个还是两个?谢谢
15楼2013-01-07 09:00:36
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dongrh1981

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by jasminezhao at 2013-01-07 08:57:06
恩,但是我想知道的是为什么相同的治理测的结果相差这么大,就是之前得到了一千四五百bp么后来去测就得到三四百bo,想请教一下是什么原因,谢谢!!...

这个和测序实验操作人员及送测序样品的浓度及纯度有关。
测序样品浓度、纯度较低时测序信号较低,测到一定长度(300、400、500均有可能)信号衰减到无法检测,就会得到较短的测序结果。
测序实验操作人员在体系配制和测序相关的条件没有优化至最佳时,会导致测序反应信号出现突然性衰减(如测序引物浓度偏低时,测序反应在进行大20个循环时引物耗尽,就会出现荧光信号的衰减或无信号等现象),从而导致得到较短的测序结果。
呼吸的痛
16楼2013-01-07 09:13:06
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jasminezhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by dongrh1981 at 2013-01-07 09:13:06
这个和测序实验操作人员及送测序样品的浓度及纯度有关。
测序样品浓度、纯度较低时测序信号较低,测到一定长度(300、400、500均有可能)信号衰减到无法检测,就会得到较短的测序结果。
测序实验操作人员在体系配 ...

哦,明白了谢谢。那测序的结果短不代表不可信是不是?
17楼2013-01-07 09:16:39
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dongrh1981

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

内容已删除
呼吸的痛
18楼2013-01-07 10:29:00
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by jasminezhao at 2013-01-07 09:00:36
用的是大肠杆菌,抗生素的浓度是200mg/ml,应该不能失效,平板方的时间也不是很长。还有就是你们一般测序是给公司提供的引物是用自己的还是用公司通用的?一般用一个还是两个?谢谢...

如果公司提供的通用引物可以用的话就直接用他们的,如果没有合适的就用自己的。提供引物的数量根据要测序的片段大小来。如果序列小于600bp,一个引物就可以了。如果超过1.4kb,除了两头的引物,中间还要自己设计一个引物才能测通。
19楼2013-01-07 11:18:01
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jasminezhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
18楼: Originally posted by dongrh1981 at 2013-01-07 10:29:00
是,测序结果好不好主要看峰谱图,好的峰谱图出的峰干净利落,没有重叠,信号强度适中,本底较低。如果出现套峰、信号噪音高,峰与峰之间界限模糊,有的甚至两个峰融合到一起,那样的图就会比较可疑,这时就要和测 ...

嗯嗯,知道了,谢谢!!
20楼2013-01-07 20:53:50
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