24小时热门版块排行榜    

查看: 581  |  回复: 3

sagp

银虫 (初入文坛)

[求助] 如何模拟带末端的双链dna 新手求助 万分感谢

想做小分子DNA的闭环开环模拟计算,DNA的5‘是带有互补的单链,举个例子:
                                           Cy3-CAGAATCCGGGGGG
                                                                    CCCCCCGGATTCTG-Cy5
假设6个碱基对长度,overhangs为8。用什么软件可以得到有坐标的pdb文件?本人刚接触分子模拟,谢谢大家!

[ Last edited by sagp on 2013-1-2 at 08:00 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sagp: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢相助 2013-01-03 11:27:25
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Bionanotechnology
Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这个PDF里面介绍的非常详细



还有一种办法是你通过hyperchem ,里面有个碱基库,根据你的需要去建立DNA的顺序
2楼2013-01-03 10:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sagp

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-02 14:00:07
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Bionanotechnology
Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这个PDF里面介绍的非常详细



还有一种办法是你通过hyperchem ,里面有个碱基库,根据你的需要去建 ...

谢谢,这个hyperchem能建立带有末端的DNA吗,
3楼2013-01-03 10:30:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sagp

银虫 (初入文坛)

问题已解决
4楼2013-01-03 11:27:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sagp 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 师弟论文见刊大半年才想起来申请专利,还能抢救一下吗? +5 13108017953 2026-09-21 5/250 2026-09-27 16:46 by Leogzhya
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意! +3 zju2000 2026-09-26 3/150 2026-09-27 16:26 by lala1008
[硕博家园] 上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生 +5 oxidpl 2026-09-20 7/350 2026-09-27 10:43 by Equinoxhua
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:42 by 4IW0sJvtEqX8
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:21 by 4IW0sJvtEqX8
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:15 by 4IW0sJvtEqX8
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 oeyPlfmMUpOC 2026-09-26 3/150 2026-09-27 09:13 by 4IW0sJvtEqX8
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:42 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:39 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:08 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:50 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 6/300 2026-09-27 05:42 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 5/250 2026-09-25 11:19 by yhq9807
[教师之家] 课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:37 by oxidpl
信息提示
请填处理意见