24小时热门版块排行榜    

查看: 558  |  回复: 3

sagp

银虫 (初入文坛)

[求助] 如何模拟带末端的双链dna 新手求助 万分感谢

想做小分子DNA的闭环开环模拟计算,DNA的5‘是带有互补的单链,举个例子:
                                           Cy3-CAGAATCCGGGGGG
                                                                    CCCCCCGGATTCTG-Cy5
假设6个碱基对长度,overhangs为8。用什么软件可以得到有坐标的pdb文件?本人刚接触分子模拟,谢谢大家!

[ Last edited by sagp on 2013-1-2 at 08:00 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sagp: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢相助 2013-01-03 11:27:25
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Bionanotechnology
Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这个PDF里面介绍的非常详细



还有一种办法是你通过hyperchem ,里面有个碱基库,根据你的需要去建立DNA的顺序
2楼2013-01-03 10:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sagp

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-02 14:00:07
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Bionanotechnology
Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这个PDF里面介绍的非常详细



还有一种办法是你通过hyperchem ,里面有个碱基库,根据你的需要去建 ...

谢谢,这个hyperchem能建立带有末端的DNA吗,
3楼2013-01-03 10:30:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sagp

银虫 (初入文坛)

问题已解决
4楼2013-01-03 11:27:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sagp 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:09 by eObJPa4gWmp6
[找工作] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 17:49 by eObJPa4gWmp6
[文学芳草园] 两块石头 +7 阿美_Lml888 2026-09-03 9/450 2026-09-06 17:48 by myrtle
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 17:21 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 9/450 2026-09-06 17:09 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 17:09 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:29 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +10 瞬息宇宙 2026-09-01 19/950 2026-09-06 11:15 by jiangxuan2004
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 11:09 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 7ZYIEW2YWn72 2026-09-04 9/450 2026-09-06 06:00 by E1iiBLMU2XnD
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 CRJ0Aq2FtVH0 2026-09-03 15/750 2026-09-06 05:48 by E1iiBLMU2XnD
[基金申请] 面上没中,邀请各位路过的虫友分析一下分数 +12 jackleilei 2026-09-03 13/650 2026-09-05 18:10 by fireguard
[文学芳草园] 初秋的晨风 +4 阿美_Lml888 2026-09-04 6/300 2026-09-05 13:51 by 阿美_Lml888
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +6 瞬息宇宙 2026-08-31 9/450 2026-09-05 13:11 by haizai99
[硕博家园] Ei源刊怎么投 +4 Fengshun9711 2026-09-04 4/200 2026-09-04 19:30 by 研途知予
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
信息提示
请填处理意见