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sagp

银虫 (初入文坛)

[求助] 如何模拟带末端的双链dna 新手求助 万分感谢

想做小分子DNA的闭环开环模拟计算,DNA的5‘是带有互补的单链,举个例子:
                                           Cy3-CAGAATCCGGGGGG
                                                                    CCCCCCGGATTCTG-Cy5
假设6个碱基对长度,overhangs为8。用什么软件可以得到有坐标的pdb文件?本人刚接触分子模拟,谢谢大家!

[ Last edited by sagp on 2013-1-2 at 08:00 ]
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sagp: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢相助 2013-01-03 11:27:25
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Bionanotechnology
Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这个PDF里面介绍的非常详细



还有一种办法是你通过hyperchem ,里面有个碱基库,根据你的需要去建立DNA的顺序
2楼2013-01-03 10:00:07
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sagp

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-01-02 14:00:07
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Bionanotechnology
Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这个PDF里面介绍的非常详细



还有一种办法是你通过hyperchem ,里面有个碱基库,根据你的需要去建 ...

谢谢,这个hyperchem能建立带有末端的DNA吗,
3楼2013-01-03 10:30:06
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sagp

银虫 (初入文坛)

问题已解决
4楼2013-01-03 11:27:40
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