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凌风牧云

金虫 (小有名气)

[求助] 已经得到一个距离矩阵,如何构建一个进化树。用PHYLIP的话,求详细步骤!

已经得到一个距离矩阵,想要根据这个距离矩阵构建一个进化树。
用PHYLIP的话,求详细步骤!
如果用其它软件的话用什么比较好?
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等闲变却故人心,却道故人心易变
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红太郎张玉

银虫 (小有名气)

我是用mega建树的。但是想问一下,你的问题解决了吗?我现在想用phylip建一颗有根的树,但是即使添加外类群依然提示说,是无根树。。。。
2楼2013-11-06 08:28:46
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凌风牧云

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 红太郎张玉 at 2013-11-06 08:28:46
我是用mega建树的。但是想问一下,你的问题解决了吗?我现在想用phylip建一颗有根的树,但是即使添加外类群依然提示说,是无根树。。。。

解决了,
等闲变却故人心,却道故人心易变
3楼2013-11-06 13:47:41
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红太郎张玉

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 凌风牧云 at 2013-11-06 13:47:41
解决了,...

麻烦问一下,你得到距离矩阵后,是如何聚类或者建树的,我是用unifrac得到矩阵后,不知道如何用phylip构建UPGMA聚类,急用,非常感谢
4楼2013-11-06 21:56:37
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凌风牧云

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 红太郎张玉 at 2013-11-06 21:56:37
麻烦问一下,你得到距离矩阵后,是如何聚类或者建树的,我是用unifrac得到矩阵后,不知道如何用phylip构建UPGMA聚类,急用,非常感谢...

phylip的说明里有写,具体你再在论坛里找找看吧,我也说不太清楚
等闲变却故人心,却道故人心易变
5楼2013-11-06 23:53:42
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红太郎张玉

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 凌风牧云 at 2013-11-06 23:53:42
phylip的说明里有写,具体你再在论坛里找找看吧,我也说不太清楚...

我看了说明了,中英问都看了。但是没发现有,因为现在就用,麻烦你了,帮帮忙,非常感谢,
6楼2013-11-08 10:23:19
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672418539

新虫 (初入文坛)

楼主,我现在也在做这个问题,已经得到了距离矩阵,但是不知道格式方面有没有什么要求?我现在下载了MEGA软件,你用过吗?之后的步骤可不可以告诉我一下,我是一只新虫,求指教
7楼2015-12-22 21:37:54
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fanzhiquan

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 672418539 at 2015-12-22 21:37:54
楼主,我现在也在做这个问题,已经得到了距离矩阵,但是不知道格式方面有没有什么要求?我现在下载了MEGA软件,你用过吗?之后的步骤可不可以告诉我一下,我是一只新虫,求指教

问题解决了吗?怎么解决的呢?
8楼2018-04-17 00:08:43
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