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snowch

新虫 (初入文坛)

[求助] 我做的定点突变一个位点,PCR无条带。。求高人指点。。

引物设计:
AAGAGTCCAGCAAGA/A/CTCGCCGACGTGGT
ACCACGTCGGCGAG/T/TCTTGCTGGACTCTT

GC%:56.67%,
Tm:61.13

50ul 反应体系:
    H2O:                                  37ul
    Buffer(10*)                     5ul
    引物(10uM each)            2ul
   dNTP                                    2ul
   质粒                                     1ul
   Taq                                      1ul

PCR程序:
        预变性   94°C   5min
        变性      94°C    30s
        退火      60°C     1min
       延伸       72°C     6min
       18循环
       延伸       72°C    10min

按道理说即使是没有突变,也应该能P出条带的啊,可是我都做了好久了还是没有任何进展,是引物设计的问题吗?跪求解决。。。。
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

1.首先你的引物设计有问题,两条引物完全互补,直接无法扩增,因为直接自连了。
2.扩增的酶的话,用PfU或者更好是Phanta,taq不可能的,会出现更多的突变,让你解释不清
3.循环看你用的什么酶
4.引物浓度无关,就根据引物设计公司给你的要求配
5.可以交流
9楼2014-01-02 15:16:40
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查看全部 10 个回答

pennchem

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2012-12-15 17:23:14
snowch: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-12-16 18:14:40
(1)如果做点突变实验,最好用pfu,尤其长度超过500bp,
(2)模板是质粒,最好用新抽提的,没有反复冻融过的,超螺旋DNA超过80%
(3)没有必要一定要看到电泳有带,可以在dpnI酶切一个小时后,取1—3微升做转化。
行至水穷处,坐看云起时
2楼2012-12-15 16:43:12
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望海思月

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以用原始基因做一下PCR看看有没有条带,有可能是条件不合适
3楼2012-12-15 16:59:42
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snowch

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pennchem at 2012-12-15 16:43:12
(1)如果做点突变实验,最好用pfu,尤其长度超过500bp,
(2)模板是质粒,最好用新抽提的,没有反复冻融过的,超螺旋DNA超过80%
(3)没有必要一定要看到电泳有带,可以在dpnI酶切一个小时后,取1—3微升做转化。

我倒是没有试过直接转化,我也听说过有人这么做,可是PCR要是成功的产物话,就应该是能有电泳条带的啊?中间是哪里出了问题的呢?
4楼2012-12-16 00:28:21
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