应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » grompp出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1383  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

羽曦云泽

新虫 (初入文坛)

[求助] grompp出错

求助求助
本人新手，在做分子动力学模拟，进行到grompp这步一直出错，错误如下：
Program grompp, VERSION 4.5.1
Source code file: toppush.c, line: 1228

Fatal error:
moleculetype ABC is redefined
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

不知道改怎么解决，求大神指导！！

PS:所用文件在附件中
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : test1.rar
    • 2012-12-14 12:18:16, 532.54 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2012-12-14 12:18:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+10, 谢谢 2012-12-17 13:24:41
1、提示里面的“moleculetype ABC is redefined”很好理解吧？
就是说你的分子ABC 被重新定义了，查一个google翻译也很好理解对吧？
那这时候就需要看你的拓扑文件里关于ABC定义的部分了啊？
果然在你的trp.top文件里面“
; Include forcefield parameters
#include "gromos43a2.ff/forcefield.itp"
;include ligand topology
#include "drg.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
  ABC               3
”
这段内容你需要好好理解一下，问题就出在这儿！
加一个标点符号就能解决问题了
或者删掉一段内容也没问题了，自己理解吧！

2、个人建议，最好别上传附件，挺麻烦的，最好把遇到的问题贴在帖子里，一目了然！
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-14 14:32:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

羽曦云泽

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-14 14:32:37
1、提示里面的“moleculetype ABC is redefined”很好理解吧？
就是说你的分子ABC 被重新定义了，查一个google翻译也很好理解对吧？
那这时候就需要看你的拓扑文件里关于ABC定义的部分了啊？
果然在你的trp.top文 ...

还是有些不解，标点应该加在哪里？加标点与删内容两者会有什么不同吗？
我刚接触gromacs，还有蛮多不懂的，希望大神能给予指导！
谢谢啦！
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-16 17:21:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-17 13:24:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by 羽曦云泽 at 2012-12-16 17:21:40
还是有些不解，标点应该加在哪里？加标点与删内容两者会有什么不同吗？
我刚接触gromacs，还有蛮多不懂的，希望大神能给予指导！
谢谢啦！...

你已经想到了，
加 ;  号就是把当前行注释掉，和删掉是一样的，你的分子在top文件中定义了两次，因此需要删掉一个

PS没事儿的时候多看看手册
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-12-16 19:31:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

羽曦云泽

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-16 19:31:11
你已经想到了，
加 ;  号就是把当前行注释掉，和删掉是一样的，你的分子在top文件中定义了两次，因此需要删掉一个

PS没事儿的时候多看看手册...

知道啦 谢谢！
回复此楼
5楼2012-12-17 16:07:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 羽曦云泽 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 332求调剂 +9 Lyy930824@ 2026-03-29 9/450 2026-04-04 11:38 by qoooooo614
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-03 3/150 2026-04-03 23:01 by qzxyhcsy
[考研] 085501一志愿天工大，机械专硕求调剂，跨材料 +3 33上 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:08 by 1753564080
[考研] 368求调剂 +4 今华习 2026-04-03 6/300 2026-04-03 13:46 by 今华习
[考研] 312 化工或制药调剂 +8 小小墨123 2026-04-02 9/450 2026-04-03 09:12 by zhouxiaoyu
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 330分求调剂 +15 qzenlc 2026-03-29 15/750 2026-04-02 21:41 by 百灵童888
[论文投稿] chinese chemical letters英文版投稿求助 120+4 Yishengeryi 2026-03-30 6/300 2026-04-02 17:19 by Yishengeryi
[考研] 能源动力 调剂 +3 不破不立0 2026-04-02 3/150 2026-04-02 12:46 by ffffjjjj
[考研] 求调剂，一志愿南京师范大学计算机专硕，初试373，六级通过， +3 计算机追梦人 2026-04-01 3/150 2026-04-02 07:57 by fxue1114
[考研] 302求调剂一志愿北航070300，本科郑大化学 +8 圣日耳曼条 2026-04-01 11/550 2026-04-02 07:40 by chemdavid
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +10 哇呼哼呼哼 2026-04-01 11/550 2026-04-01 21:48 by chyhaha
[考研] 310分求调剂 +4 成功上岸wang 2026-04-01 4/200 2026-04-01 20:35 by liu823948201
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-31 4/200 2026-03-31 11:56 by jp9609
[考研] 一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂 +8 披星河 2026-03-30 8/400 2026-03-31 08:53 by lbsjt
[考研] 材料专硕 085600求调剂 +7 BBQ233 2026-03-30 7/350 2026-03-30 17:44 by oooqiao
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭