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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助关于转录组
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于转录组

想问下大家，目前做的低等动物转录组测序，通过拼接得到了完整的转录组序列，但是这些序列有什么作用？想更深的研究应该再做些什么工作？谢谢！
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加油~~~
1楼 2012-12-13 09:22:56
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dayulee

木虫 (正式写手)

愚木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Alex_ppz: 金币+20, ★★★很有帮助, 十分感谢！ 2012-12-18 16:11:30
引用回帖:
9楼: Originally posted by Alex_ppz at 2012-12-17 08:47:21
如果说做某些特殊的代谢途径，或者基因的差异表达，应该怎么下手？...

做特殊的代谢途径可能涉及的研究内容就很多了。如果你所要研究的代谢途径在其他模式物种中也有类似的代谢，可以借助已有的代谢途径可以进行验证。转录组测序后有很多注释到得信息，你可以对你所研究的代谢找一些关键的代谢酶，在KEGG中找找有没有相关的代谢途径。做差异表达，单个转录组可能可比性不是很大。
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好好学习，天天向上
11楼2012-12-17 22:11:43
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
转录组测序只是个手段，科学研究应该先选定你感兴趣的现象/机理，再去思考方法论的问题；你这里貌似反过来了？
另外，如果对目的还不清楚，那我冒昧揣测 你的转录组对照组啥的也没有了？
另外问个体外话：低等水产动物的转录组，做了de novo拼接，怎么判断得到“完整的转录组”了？ 测序数据量有多大呢？
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2楼2012-12-13 10:43:43
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-13 10:43:43
转录组测序只是个手段，科学研究应该先选定你感兴趣的现象/机理，再去思考方法论的问题；你这里貌似反过来了？
另外，如果对目的还不清楚，那我冒昧揣测 你的转录组对照组啥的也没有了？
另外问个体外话：低 ...

之前没有接触过转录组，来到新的实验室正好在做这个，老板让考虑下拿到这些片段之后的工作，这个转录组测序是正常组织的，没有刺激胁迫，大约拼出了有40000条片段。
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加油~~~
3楼2012-12-13 16:42:46
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by Alex_ppz at 2012-12-13 16:42:46
之前没有接触过转录组，来到新的实验室正好在做这个，老板让考虑下拿到这些片段之后的工作，这个转录组测序是正常组织的，没有刺激胁迫，大约拼出了有40000条片段。...

没有一个明确的目标就去测转录组，到最后很难去分析数据，并整理成文的。
另外，你转录组是多个组织分别测序的么？如果这样，也许还可以对不同组织之间进行比较，找点儿话题。如果就只有一个sample，悲剧了
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4楼2012-12-13 17:52:32
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