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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问现在有无可以直接给出建议引物的分子生物学软件？
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月下老人

木虫 (著名写手)

[求助] 请问现在有无可以直接给出建议引物的分子生物学软件？

在寻找qPCR保守序列来设计引物时，往往需要排列、比对，尤其是最后的手动比对，比较费时费力。有没有这样的软件：将某基因的全部序列(要定量的群体的各种菌株的序列以及近缘的期望值小于10^-50的菌株的序列)输入后，软件自动进行比对，找出该群体所共有但其他菌株没有的符合一定要求(比如长度20-25、错配小于3)的保守序列片段，用作设计引物的备选保守序列。
请各位指教!
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1楼 2012-12-12 16:20:04
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月下老人

木虫 (著名写手)
月下老人: 回帖置顶 2012-12-14 08:27:58
引用回帖:
2楼: Originally posted by _锦瑟薇薇 at 2012-12-12 20:40:29
Primer5.0  貌似现在6.0都出来了

这种软件是根据某一序列给出建议引物而已。不能对某一群体的序列进行比对并建议引物。
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3楼2012-12-13 01:43:16
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_锦瑟薇薇

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Primer5.0  貌似现在6.0都出来了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2012-12-12 20:40:29
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月下老人

木虫 (著名写手)
月下老人: 回帖置顶 2012-12-14 08:28:02
不是那种输入单一序列后给出引物的软件。
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5楼2012-12-14 08:27:31
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