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summer2771

木虫 (正式写手)

[求助] qPCR怎样算出2-ΔΔCT值，还有标准差的那种？

求助，像我这样的数据，怎么能够在Con和Treat组都得到3个2-ΔΔCT值啊？
我自己琢磨着如果都是用treat跟Con比较的话，那等于说从6个中选2个出来两两比较，不是不止3个值了吗？
虽然2-ΔCT值也能用来比较，但是我还是想用2-ΔΔCT法，请大家指教！不胜感激！

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1楼 2012-12-08 20:16:31
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gyesang

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
7楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-08 21:39:57
我这就是一个基因啊，比如说我要比较干预手段对A基因表达的影响，实验组取3只老鼠，对照组取3只老鼠，这两个组的各3只老鼠都会有一个内参值和一个目的基因A的CT值，那不就是我上面对应的1、2、3号吗？
我现实的实 ...

我大致明白你的意思了，
你的意思是，你对照组有3只老鼠，实验组有3只老鼠，然后拿这六只老鼠做qPCR，即
对照组老鼠
1 基因 - 内参 = ΔCT1
2 基因 - 内参 = ΔCT2
3 基因 - 内参 = ΔCT3
这里的三个ΔCT要取平均值了，重复的原则不就是让取均值吗 为 ΔCT对照

实验组老鼠
1 基因 - 内参 = ΔCT1
2 基因 - 内参 = ΔCT2
3 基因 - 内参 = ΔCT3
这里的三个ΔCT也要取平均值 为 ΔCT实验

然后进行ΔΔCT计算
         对照                  实验
ΔCT对照 - ΔCT对照      ΔCT实验 - ΔCT对照

然后算出以2（E）为base的指数2^-ΔΔCT

以上仅为个人见解，不对请指正啊
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summer2771
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2012-12-08 23:34:42
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gyesang

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楼主问题描述的不清楚，哪个是你的内参，哪个是目的基因Ct值

各样品先要把内参调齐然后再 比较，才有意义，照现有的数据，楼主这组数据中包含一个内参基因和两个目的基因？得到两个2-ΔΔCT值
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2楼2012-12-08 20:29:03
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summer2771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-08 20:29:03
楼主问题描述的不清楚，哪个是你的内参，哪个是目的基因Ct值

各样品先要把内参调齐然后再 比较，才有意义，照现有的数据，楼主这组数据中包含一个内参基因和两个目的基因？得到两个2-ΔΔCT值

版主好！
我的第一列是目的内参CT，第二列是内参CT
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3楼2012-12-08 20:42:43
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summer2771

木虫 (正式写手)
版主，我的第一列是目的CT值，第二列是内参CT值！
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4楼2012-12-08 20:52:45
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summer2771

木虫 (正式写手)
我知道样品的ΔCT=Average样品-Average内参，ΔΔCT=ΔCT-Control样品的ΔCT。但是我的理解是，如上面的数据
比如对照组和实验组的ΔCT是
       1       2        3
对照组7.27  7.03  7.55
实验组10.13 10.23 10.56
如果根据前面的公式，按照实验组-对照组的话，那我可以用对照组的1去减实验组的1、2、3都可以啊，这就有3个ΔΔCT值，那再用实验组的2和3分别去减，就能得到3+3+3个ΔΔCT值？
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5楼2012-12-08 21:00:00
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gyesang

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引用回帖:
5楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-08 21:00:00
我知道样品的ΔCT=Average样品-Average内参，ΔΔCT=ΔCT-Control样品的ΔCT。但是我的理解是，如上面的数据
比如对照组和实验组的ΔCT是
       1       2        3
对照组7.27  7.03  7.55
实验组10.13 10.23 ...

你理解错了，不是你理解的这样，不能那一个均值随意减去另外一个均值，你要拿特定的基因的Ct值，在两个样品中相减，比如用你这组数据
你这里的1，2，3实际上代表的是gene1，gene2，gene3

     gene1，gene2，gene3
对照组7.27  7.03  7.55
实验组10.13 10.23 10.56

所以只能gene1 的Ct值相减，你拿gene1的对照组Ct值与gene2实验组Ct值相减是不对的
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6楼2012-12-08 21:12:42
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summer2771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-08 21:12:42
你理解错了，不是你理解的这样，不能那一个均值随意减去另外一个均值，你要拿特定的基因的Ct值，在两个样品中相减，比如用你这组数据
你这里的1，2，3实际上代表的是gene1，gene2，gene3

     gene1，gene2，g ...

我这就是一个基因啊，比如说我要比较干预手段对A基因表达的影响，实验组取3只老鼠，对照组取3只老鼠，这两个组的各3只老鼠都会有一个内参值和一个目的基因A的CT值，那不就是我上面对应的1、2、3号吗？
我现实的实验中就是这样的，所以我就搞不懂为什么只有一个ΔΔCT值了...因为在我看来，这三只老鼠分别得到的CT值是可以任意调换顺序的...
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7楼2012-12-08 21:39:57
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summer2771

木虫 (正式写手)
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8楼: Originally posted by gyesang at 2012-12-08 23:34:42
我大致明白你的意思了，
你的意思是，你对照组有3只老鼠，实验组有3只老鼠，然后拿这六只老鼠做qPCR，即
对照组老鼠
1 基因 - 内参 = ΔCT1
2 基因 - 内参 = ΔCT2
3 基因 - 内参 = ΔCT3
这里的三个ΔCT ...

版主，就是您所说的这样！
现在就跟前面那个贴出来的图一样，是下面这样：
实验组   对照组
ΔCT1      ΔCT1
ΔCT2      ΔCT2  
ΔCT3      ΔCT3
既然ΔΔCT是等于实验组ΔCT-对照组ΔCT值，那么我不是可以随意从实验组挑出来一个ΔCT值去减对照组的ΔCT吗？不应该是您所说的一定要用第1个实验组值去减去对照组值不是吗？
如果我说的是对的，那就会有3+3+3=9个ΔΔCT值了。
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9楼2012-12-08 23:52:12
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gyesang

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引用回帖:
9楼: Originally posted by summer2771 at 2012-12-08 23:52:12
版主，就是您所说的这样！
现在就跟前面那个贴出来的图一样，是下面这样：
实验组   对照组
ΔCT1      ΔCT1
ΔCT2      ΔCT2  
ΔCT3      ΔCT3
既然ΔΔCT是等于实验组ΔCT-对照组ΔCT值，那么我不是可 ...

你说的不对，实验组和对照组要先去平均值再计算
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10楼2012-12-09 00:20:31
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