24小时热门版块排行榜    

查看: 1146  |  回复: 7

沧海扶摇

金虫 (小有名气)

[求助] 利用分子模拟某聚合物分子与Fe3O4表面的相互作用

拟利用分子模拟某聚合物分子与Fe3O4表面的相互作用,一直出错,哪位大侠可以帮忙提点一下,除了金币还有其他重谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

达人观物外之物,思身后之身!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枫的飘零

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
出错信息是什么?你的模型是什么??
2楼2012-12-03 13:35:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sesea7

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
LZ能不能把怎么出错的说明下,一起研究研究
喵星人
3楼2012-12-03 15:06:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby1985720

木虫 (著名写手)

您好,请问您模拟用的是Amorphous cell么,请问能不能推荐一下相关的应用实例的文献呢
4楼2012-12-04 09:59:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沧海扶摇

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枫的飘零 at 2012-12-03 13:35:09
出错信息是什么?你的模型是什么??

本人拟利用MD模拟有机物分子在金属氧化物上吸附,利用Discover模块的COMPASS力场计算时出现了如下错误:
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: Fe1(fe2o)-O1(o_fe)
... ...
... ...
... ...
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: O512(o_fe)-Fe94(fe3o)
    while executing
"energy"
    invoked from within
"if {![$ee exists Atom.Gradient]} {
    energy
  }"
    (procedure "vdWTailCorrection" line 55)
    invoked from within
"vdWTailCorrection 9.50"

Total time used by DISCOVER: 1.61 secs

Completion date: Thu Aug 16 05:30:23 2012
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
达人观物外之物,思身后之身!
5楼2012-12-07 12:54:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

沧海扶摇

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sesea7 at 2012-12-03 15:06:17
LZ能不能把怎么出错的说明下,一起研究研究

本人拟利用MD模拟有机物分子在金属氧化物上吸附,利用Discover模块的COMPASS力场计算时出现了如下错误:
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: Fe1(fe2o)-O1(o_fe)
... ...
... ...
... ...
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: O512(o_fe)-Fe94(fe3o)
    while executing
"energy"
    invoked from within
"if {![$ee exists Atom.Gradient]} {
    energy
  }"
    (procedure "vdWTailCorrection" line 55)
    invoked from within
"vdWTailCorrection 9.50"

Total time used by DISCOVER: 1.61 secs

Completion date: Thu Aug 16 05:30:23 2012
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
达人观物外之物,思身后之身!
6楼2012-12-07 12:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sesea7

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 沧海扶摇 at 2012-12-07 12:55:09
本人拟利用MD模拟有机物分子在金属氧化物上吸附,利用Discover模块的COMPASS力场计算时出现了如下错误:
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: Fe1(fe2o)-O1(o_fe)
... ...
... ...
.. ...

应该是没有找到这些键的参数。参考http://muchong.com/html/201112/3972812.html
喵星人
7楼2012-12-07 16:27:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fyz_ok

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你用的是什么力场?应该是你的力场不合适
8楼2012-12-08 14:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 沧海扶摇 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 12/600 2026-08-21 19:46 by kulium
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +3 羊腰板 2026-08-21 3/150 2026-08-21 19:42 by kulium
[基金申请] 科研孤儿太难了 +16 我4大白菜 2026-08-20 17/850 2026-08-21 19:07 by sakuraai
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 让我中一个面上吧! +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
信息提示
请填处理意见