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沧海扶摇

金虫 (小有名气)

[求助] 利用分子模拟某聚合物分子与Fe3O4表面的相互作用

拟利用分子模拟某聚合物分子与Fe3O4表面的相互作用,一直出错,哪位大侠可以帮忙提点一下,除了金币还有其他重谢!
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达人观物外之物,思身后之身!
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枫的飘零

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
出错信息是什么?你的模型是什么??
2楼2012-12-03 13:35:09
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sesea7

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
LZ能不能把怎么出错的说明下,一起研究研究
喵星人
3楼2012-12-03 15:06:17
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baby1985720

木虫 (著名写手)

您好,请问您模拟用的是Amorphous cell么,请问能不能推荐一下相关的应用实例的文献呢
4楼2012-12-04 09:59:57
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枫的飘零 at 2012-12-03 13:35:09
出错信息是什么?你的模型是什么??

本人拟利用MD模拟有机物分子在金属氧化物上吸附,利用Discover模块的COMPASS力场计算时出现了如下错误:
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: Fe1(fe2o)-O1(o_fe)
... ...
... ...
... ...
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: O512(o_fe)-Fe94(fe3o)
    while executing
"energy"
    invoked from within
"if {![$ee exists Atom.Gradient]} {
    energy
  }"
    (procedure "vdWTailCorrection" line 55)
    invoked from within
"vdWTailCorrection 9.50"

Total time used by DISCOVER: 1.61 secs

Completion date: Thu Aug 16 05:30:23 2012
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
达人观物外之物,思身后之身!
5楼2012-12-07 12:54:49
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sesea7 at 2012-12-03 15:06:17
LZ能不能把怎么出错的说明下,一起研究研究

本人拟利用MD模拟有机物分子在金属氧化物上吸附,利用Discover模块的COMPASS力场计算时出现了如下错误:
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: Fe1(fe2o)-O1(o_fe)
... ...
... ...
... ...
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: O512(o_fe)-Fe94(fe3o)
    while executing
"energy"
    invoked from within
"if {![$ee exists Atom.Gradient]} {
    energy
  }"
    (procedure "vdWTailCorrection" line 55)
    invoked from within
"vdWTailCorrection 9.50"

Total time used by DISCOVER: 1.61 secs

Completion date: Thu Aug 16 05:30:23 2012
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
达人观物外之物,思身后之身!
6楼2012-12-07 12:55:09
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sesea7

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 沧海扶摇 at 2012-12-07 12:55:09
本人拟利用MD模拟有机物分子在金属氧化物上吸附,利用Discover模块的COMPASS力场计算时出现了如下错误:
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: Fe1(fe2o)-O1(o_fe)
... ...
... ...
.. ...

应该是没有找到这些键的参数。参考http://muchong.com/html/201112/3972812.html
喵星人
7楼2012-12-07 16:27:24
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fyz_ok

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你用的是什么力场?应该是你的力场不合适
8楼2012-12-08 14:20:23
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