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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点
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kanhmh

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点

我就3个金币~~~~
请问：
用的是ADT，我的化合物与酶结合上了，可是，不是已知的经典活性位点，我的结论是，有可能结合到酶的其他pock上了，提示我们这个酶有新的调节位点存在。我可以说，我结合上的地方是个口袋吗？我的结论，新的调控位点靠谱吗？
各位大神来帮我啊~~~~~~
其实我想知道，对于一个酶，它的口袋pock是怎么确定的，只要是酶的凹槽就可以了吗？？？？？我确实结合上了，能量较小，-10左右，我是柔性对接。

背面结合细节.jpg
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1楼 2012-11-28 20:13:13
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:47
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本的手段
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3楼2012-11-29 16:26:44
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:38
最好的方法就是看文献了！如果存在变构调节，那就找找变构调节的位点和催化位点。。。。
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2楼2012-11-29 15:05:31
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kanhmh

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-29 16:26:44
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本 ...

我的不是底物类似物，结合不到活性位点上去~~~~，聚类没仔细做~~~啊，还是谢谢各位了
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4楼2012-11-29 21:15:28
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happyqilu

新虫 (初入文坛)
1：盲对接
2：参考已有文章的配体结构来对接
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5楼2013-03-23 14:36:04
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