应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点
51/1返回列表
查看: 1187  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kanhmh

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点

我就3个金币~~~~
请问：
用的是ADT，我的化合物与酶结合上了，可是，不是已知的经典活性位点，我的结论是，有可能结合到酶的其他pock上了，提示我们这个酶有新的调节位点存在。我可以说，我结合上的地方是个口袋吗？我的结论，新的调控位点靠谱吗？
各位大神来帮我啊~~~~~~
其实我想知道，对于一个酶，它的口袋pock是怎么确定的，只要是酶的凹槽就可以了吗？？？？？我确实结合上了，能量较小，-10左右，我是柔性对接。

背面结合细节.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢
1楼 2012-11-28 20:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:38
最好的方法就是看文献了！如果存在变构调节，那就找找变构调节的位点和催化位点。。。。
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-29 15:05:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:47
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本的手段
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-29 16:26:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kanhmh

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-29 16:26:44
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本 ...

我的不是底物类似物，结合不到活性位点上去~~~~，聚类没仔细做~~~啊，还是谢谢各位了
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-29 21:15:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happyqilu

新虫 (初入文坛)
1：盲对接
2：参考已有文章的配体结构来对接
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-23 14:36:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kanhmh 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-29 18:04 by 4FFAWE8HcgUD
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 17:31 by 4FFAWE8HcgUD
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +4 tannykie 2026-08-29 4/200 2026-08-29 17:14 by lmz0216
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +5 gdd2018 2026-08-28 10/500 2026-08-29 14:10 by Jacob678
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 10:18 by winsaint
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭