应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1025  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kanhmh

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点

我就3个金币~~~~
请问：
用的是ADT，我的化合物与酶结合上了，可是，不是已知的经典活性位点，我的结论是，有可能结合到酶的其他pock上了，提示我们这个酶有新的调节位点存在。我可以说，我结合上的地方是个口袋吗？我的结论，新的调控位点靠谱吗？
各位大神来帮我啊~~~~~~
其实我想知道，对于一个酶，它的口袋pock是怎么确定的，只要是酶的凹槽就可以了吗？？？？？我确实结合上了，能量较小，-10左右，我是柔性对接。

背面结合细节.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢
1楼 2012-11-28 20:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:38
最好的方法就是看文献了！如果存在变构调节，那就找找变构调节的位点和催化位点。。。。
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-29 15:05:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:47
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本的手段
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-29 16:26:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kanhmh

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-29 16:26:44
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本 ...

我的不是底物类似物，结合不到活性位点上去~~~~，聚类没仔细做~~~啊，还是谢谢各位了
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-29 21:15:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happyqilu

新虫 (初入文坛)
1：盲对接
2：参考已有文章的配体结构来对接
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-23 14:36:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kanhmh 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 286求调剂 +5 PolarBear11 2026-03-26 5/250 2026-03-26 23:59 by 运气yunqi
[考研] 一志愿华理，数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 10/500 2026-03-26 22:37 by 学员8dgXkO
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +4 柳溪边 2026-03-26 4/200 2026-03-26 21:14 by XPU李庆
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 303求调剂 +7 元夕元 2026-03-20 8/400 2026-03-26 20:38 by 不吃魚的貓
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 340求调剂 +3 Amber00 2026-03-26 3/150 2026-03-26 18:57 by 不吃魚的貓
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 一志愿中南大学化学学硕0703总分337求调剂 +7 niko- 2026-03-22 7/350 2026-03-25 20:14 by qingfeng258
[考研] 生物学学硕求调剂 +7 小羊睡着了? 2026-03-23 10/500 2026-03-25 02:24 by 清风拂扬。 m
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境） +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境，总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-23 8/400 2026-03-23 20:36 by Creta
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂211或者双一流 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭