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kanhmh

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于如何确定一个酶上的pock,以及ADT结果分析要点

我就3个金币~~~~
请问:
用的是ADT,我的化合物与酶结合上了,可是,不是已知的经典活性位点,我的结论是,有可能结合到酶的其他pock上了,提示我们这个酶有新的调节位点存在。我可以说,我结合上的地方是个口袋吗?我的结论,新的调控位点靠谱吗?
各位大神来帮我啊~~~~~~
其实我想知道,对于一个酶,它的口袋pock是怎么确定的,只要是酶的凹槽就可以了吗?????我确实结合上了,能量较小,-10左右,我是柔性对接。

背面结合细节.jpg
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longdlut

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:38
最好的方法就是看文献了!如果存在变构调节,那就找找变构调节的位点和催化位点。。。。
2楼2012-11-29 15:05:31
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:47
个人觉得下结论要慎重,从道理上来说,分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适,是否包含活性位点,得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本的手段
3楼2012-11-29 16:26:44
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kanhmh

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-29 16:26:44
个人觉得下结论要慎重,从道理上来说,分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适,是否包含活性位点,得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本 ...

我的不是底物类似物,结合不到活性位点上去~~~~,聚类没仔细做~~~啊,还是谢谢各位了
4楼2012-11-29 21:15:28
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happyqilu

新虫 (初入文坛)


1:盲对接
2:参考已有文章的配体结构来对接
5楼2013-03-23 14:36:04
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