应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点
51/1返回列表
查看: 1200  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kanhmh

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于如何确定一个酶上的pock，以及ADT结果分析要点

我就3个金币~~~~
请问：
用的是ADT，我的化合物与酶结合上了，可是，不是已知的经典活性位点，我的结论是，有可能结合到酶的其他pock上了，提示我们这个酶有新的调节位点存在。我可以说，我结合上的地方是个口袋吗？我的结论，新的调控位点靠谱吗？
各位大神来帮我啊~~~~~~
其实我想知道，对于一个酶，它的口袋pock是怎么确定的，只要是酶的凹槽就可以了吗？？？？？我确实结合上了，能量较小，-10左右，我是柔性对接。

背面结合细节.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢
1楼 2012-11-28 20:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:38
最好的方法就是看文献了！如果存在变构调节，那就找找变构调节的位点和催化位点。。。。
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-29 15:05:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:16:47
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本的手段
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-29 16:26:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kanhmh

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-29 16:26:44
个人觉得下结论要慎重，从道理上来说，分子对接想让他在哪里结合都是可以的~~关键是看你盒子大小设置是否合适，是否包含活性位点，得到的构象是否是聚类分析中最集中的一簇~这些都是你要说明的~分子对接只是个很基本 ...

我的不是底物类似物，结合不到活性位点上去~~~~，聚类没仔细做~~~啊，还是谢谢各位了
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-29 21:15:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happyqilu

新虫 (初入文坛)
1：盲对接
2：参考已有文章的配体结构来对接
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-23 14:36:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kanhmh 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭