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zq347597638

新虫 (小有名气)

[求助] 求帮忙,做过DGGE的请进

我做土壤DNA 后面要做DGGE  但是16s PCR结果一个在200bp,一个1000多bp,老师说200bp的太短了 做DGGE不能说明什么问题,1000多的太长了  DGGE跑不开,求做过的帮忙,DGGE能做多大的片段!
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+1, 鼓励新虫 2012-11-22 22:39:19
一般做DGGE的片段要求是在500bp以下,细菌有想关的引物如 63f/518r,341F/926R,933f/1387R,968F/1401R。1000bp的肯定是不行,绝大多数用的是200bp左右 。古菌一般本身PCR扩增就很困难,所以一般使用的是嵌套式PCR一般片段也就是200左右。
科学就是发现规律,而规律是上帝创造的,认识独一上帝就是智慧。
2楼2012-11-22 20:02:22
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闲花落地

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhang8826857: 金币+3, 鼓励新虫 2012-11-22 22:39:26
引物对DGGE的影响很明显,建议结合最近Pyresequencing数据,重新设计扩增长度为200-500bp的引物,进行试验,不然所作结果没有新意

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3楼2012-11-22 20:39:42
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zq347597638

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kingleo99 at 2012-11-22 20:02:22
一般做DGGE的片段要求是在500bp以下,细菌有想关的引物如 63f/518r,341F/926R,933f/1387R,968F/1401R。1000bp的肯定是不行,绝大多数用的是200bp左右 。古菌一般本身PCR扩增就很困难,所以一般使用的是嵌套式PCR ...

谢谢你的建议    这两天一直在看文献 几篇文献中针对于细菌有500bp的  但是真菌方面用的巢式PCR,结果都是1000多的  我看了 他们做的DGGE结果 貌似真菌的能做出来   我本来真菌细菌pcr结果条带都是200多bp  做过的老师说太短了 不能代表什么!  我没做过 所以很迷茫 不知道到底听谁的
4楼2012-11-23 13:50:06
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zq347597638

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 闲花落地 at 2012-11-22 20:39:42
引物对DGGE的影响很明显,建议结合最近Pyresequencing数据,重新设计扩增长度为200-500bp的引物,进行试验,不然所作结果没有新意

因为是新手 很多东西都不懂   谢谢你的建议 真不知如何是好!
5楼2012-11-23 13:50:56
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boytiger

禁虫 (初入文坛)

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6楼2012-11-23 22:09:35
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zqp9110

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我们做环境样品的DGGE一般都是针对16S V3区片段,加上GC夹子在200bp左右。

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BEYOND
7楼2012-11-23 22:30:09
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lanmayifly

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
之前做过,也是在200bp左右,我记得以前有篇文献比较的几种引物,发给楼主看看有没有帮助啊
dgge重要.pdf(409.09KB)
http://kuai.xunlei.com/d/GMKWDTQDZCOW?p=130497

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2012-11-25 13:15:59
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9楼2012-11-25 13:40:46
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zq347597638

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by zqp9110 at 2012-11-23 22:30:09
我们做环境样品的DGGE一般都是针对16S V3区片段,加上GC夹子在200bp左右。

谢谢  我的PCR结果出来是200多bp  谢谢大家  我又有信心了
10楼2012-11-26 10:12:10
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