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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 3’ RACE
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swimmingcrab

铜虫 (小有名气)

[求助] 3’ RACE

请问下3‘-RACE PCR产物测序后怎么判断序列已经到3'末端了呢？
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1楼 2012-11-21 10:08:39
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jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by swimmingcrab at 2012-11-22 08:54:35
那这段polyA 大约要多少个呢？ 我的有是有，但是搜一下被认为是载体序列，连接时的载体序列里面也有一串A么？...

那你比对一下吧，把你的目的基因在NCBI上，然后让测序公司帮你把载体序列去掉
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6楼2012-11-22 13:02:27
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drxiao2005

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
swimmingcrab: 回帖置顶 2012-11-23 08:47:07
swimmingcrab: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-11-23 08:47:19
3'RACE产物的PolyA可能是反转录引物引入的。
通常反转录引物中的polyT会与mRNA的PolyA退火，从而起始反转录反应，并引入polyT远端的heel序列。
但并不能100%保证polyT不会与mRNA上短的A窜（A10或A5TA3）退火。
因此，3'RACE产物的PolyA通常表示mRNA的末端，但并不能100%确定。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

swimmingcrab
7楼2012-11-22 14:47:43
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wcwluwei

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
8楼2012-11-22 16:41:22
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普通回帖

jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
真核生物的mRNA的3端是有PolyA的存在的
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2楼2012-11-21 12:13:19
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sgs8725

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把你的测序结果去载体，跟你的中间片段拼接起来，然后看后面有没有一串A
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3楼2012-11-21 13:04:19
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swimmingcrab

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jl860822 at 2012-11-21 12:13:19
真核生物的mRNA的3端是有PolyA的存在的

那这段polyA 大约要多少个呢？ 我的有是有，但是搜一下被认为是载体序列，连接时的载体序列里面也有一串A么？
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4楼2012-11-22 08:54:35
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swimmingcrab

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sgs8725 at 2012-11-21 13:04:19
把你的测序结果去载体，跟你的中间片段拼接起来，然后看后面有没有一串A

后面是有一串A的，但是我用VecSreen比对载体序列时这段poly A被认为是载体序列。那这串A还算不算呢？谢谢！
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5楼2012-11-22 08:57:08
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swimmingcrab

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by drxiao2005 at 2012-11-22 14:47:43
3'RACE产物的PolyA可能是反转录引物引入的。
通常反转录引物中的polyT会与mRNA的PolyA退火，从而起始反转录反应，并引入polyT远端的heel序列。
但并不能100%保证polyT不会与mRNA上短的A窜（A10或A5TA3）退火。
因 ...

感谢，解答的很详细，请问有没有相关的资料呢？网上没有找到这种详细的解释。因为不是分子生物学出身，背景知识太少，能帮忙提供下资料的话不胜感激
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9楼2012-11-23 08:58:32
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swimmingcrab

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wcwluwei at 2012-11-22 16:41:22
序列到了POLYAi就可以了啊

谢谢
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10楼2012-11-23 08:58:43
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