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海阔天空102

木虫 (正式写手)

[求助] 适配体 aptamer 与分析物相互作用相关

适配体aptamer 如何能有效的与分析物结合，例如VEGF165与VEGF165 aptamer 有效结合需要注意哪些条件？比如温度，ph，离子强度，  这与抗体与抗原的相互作用有什么主要区别？

如何让适配体高效结合分析物呢？
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1楼 2012-11-20 10:16:15
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yangxiaohai

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
海阔天空102: 金币+5, 博学EPI+1 2012-11-20 23:18:47
aptamer与靶标的结合条件，主要取决于aptamer的筛选条件。对于一些用得比较多的aptamer，有不少参考文献。当然，现在有的文献比较水，要注意杂志的档次和文章的作者。
抗原-抗体的结合有前带后带的说法，aptamer似乎没有。
aptamer与靶标的结合，与aptamer是否被固定有关。固定化的aptamer，一定要注意手臂的设计。
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2楼2012-11-20 10:44:27
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海阔天空102

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yangxiaohai at 2012-11-20 10:44:27
aptamer与靶标的结合条件，主要取决于aptamer的筛选条件。对于一些用得比较多的aptamer，有不少参考文献。当然，现在有的文献比较水，要注意杂志的档次和文章的作者。
抗原-抗体的结合有前带后带的说法，aptamer似 ...

很感谢，aptamer 与分析物结合前是不是一定要activation或是退火？还有注意离子强度，温度？ph值起什么作用呢？ 多谢指点。固定化的aptamer 手臂是什么意思？是要加6个C吗
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3楼2012-11-20 16:47:17
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xugehui

铁杆木虫 (著名写手)

general

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
海阔天空102: 金币+5 2012-11-20 23:18:55
个人感觉固定化的aptamer的手臂是为了降低位阻。。。aptamer在使用前变性是为了aptamer呈现链状而不是相互纠缠在一起。也可以说是为了增加aptamer与target的识别机会。至于离子强度，温度和pH值在一定程度上会影响aptamer的选择性和灵敏度，这个要靠实验优化，或者参考权威文献，个人觉得一般情况下和筛选这种aptamer的条件是类似的。
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宇智波-鼬~美到极致是疯狂~
4楼2012-11-20 18:08:28
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海阔天空102

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xugehui at 2012-11-20 18:08:28
个人感觉固定化的aptamer的手臂是为了降低位阻。。。aptamer在使用前变性是为了aptamer呈现链状而不是相互纠缠在一起。也可以说是为了增加aptamer与target的识别机会。至于离子强度，温度和pH值在一定程度上会影响a ...

希望大家广泛留言提供宝贵意见，初次研究适配体与分析物相互作用，但就是抓不到，具体点正在用ATP的aptamer 捕获ATP，但是不知道哪个关键环节有问题，就是抓不到ATP！还请高手指点
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5楼2012-11-21 19:38:24
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yangxiaohai

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
海阔天空102: 金币+5 2012-12-06 15:24:54
实验体系的设计不同，条件有一些差别。某些文献的条件是不可信的。你是固定化检测，还是在均相检测？如果不担心泄密，可给出一些具体设计，这样能更有针对性。
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6楼2012-11-27 08:51:34
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海阔天空102

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yangxiaohai at 2012-11-27 08:51:34
实验体系的设计不同，条件有一些差别。某些文献的条件是不可信的。你是固定化检测，还是在均相检测？如果不担心泄密，可给出一些具体设计，这样能更有针对性。

固定在表面上进行检测，比如说我用 VEGF165 的 aptamer去抓 VEGF，很常见的一个反应，aptamer 抓分析物最主要的是什么？
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7楼2012-11-30 10:17:53
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hb410

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
海阔天空102: 金币+15, ★★★很有帮助 2012-12-03 23:06:24
适配体aptamer 与分析物有效结合的有效结合取决于它们之间本身的亲和性（例如解离常数或结合常数）；以及所用的buffer 种类 pH 盐离子浓度等外部条件。
亲和性可以通过文献所报道的获得，像ATP与其DNA aptamer解离常数在微摩尔级，所以要想观察到明显的结合，ATP需要在毫摩尔级的浓度。VEGF与aptamer亲和性在100纳摩尔左右，VEGF的浓度可能要到微摩尔级了。此外，VEGF是蛋白质，需要防止其变性。
实验缓冲条件可以参考其原始文献，即楼上所提到的筛选条件。
如果aptamer是固定在表面上，可能还会在很大程度上减弱其与分析物的亲和性。影响的减弱在于连接臂的设计、在表面固定的密度等。
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开心每一天
8楼2012-12-02 20:15:15
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