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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] 请教VMD中measure hbonds

请教大家，初用VMD中measure hbonds计算氢键，体系为一个羧酸体系，供体和受体分别为OH和羰基O，在index中的编号分别是第6组和第5组。
在TKconsole中，这样写到，大家看是否有错
首先按照手册，selection1是供体，selection2是受体
所以 set sel1 [atomselect  top "index 6"]
atomselect0
set sel2 [atomselect top "index 5"]
atomselect 1
measure hbonds 3.5 30 $sel1 $sel2 回车后出现三个圆括号
{} {}  {}
请教大家，这是什么意思呢？而且我输入$sel1 $sel2时字母变红，是出现语法错误了吗？就是选择供体和受体的语句对吗？如下是我的pdb及index文件，希望大家帮忙，谢谢大家，新手初到，望不吝赐教，感激不尽！
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    • 2012-11-19 15:44:04, 148.19 K
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    • 2012-11-19 15:44:08, 40.55 K

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1楼 2012-11-19 15:44:03
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-20 21:55:50
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhongyunxia at 2012-11-20 15:45:41
那怎么选择我想研究的原子呢？谢谢...

正确描述你的研究对象
比如，你所用的index 6,是用序号描述你选择的部分
或者用“segment 5 and  resid 6 and name O”等等
翻阅vmd user guide，细读atomselect部分
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-20 16:14:56
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-20 14:42:35
zhongyunxia: 金币+5 2012-11-20 15:45:15
变红表示是变量
应该是没有找到氢键
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-20 11:42:52
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wally8962 at 2012-11-20 11:42:52
变红表示是变量
应该是没有找到氢键

那怎么选择我想研究的原子呢？谢谢
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3楼2012-11-20 15:45:41
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