| 查看: 1248 | 回复: 3 | |||
zhongyunxia新虫 (小有名气)
|
[求助]
请教VMD中measure hbonds
|
|
请教大家,初用VMD中measure hbonds计算氢键,体系为一个羧酸体系,供体和受体分别为OH和羰基O,在index中的编号分别是第6组和第5组。 在TKconsole中,这样写到,大家看是否有错 首先按照手册,selection1是供体,selection2是受体 所以 set sel1 [atomselect top "index 6"] atomselect0 set sel2 [atomselect top "index 5"] atomselect 1 measure hbonds 3.5 30 $sel1 $sel2 回车后出现三个圆括号 {} {} {} 请教大家,这是什么意思呢?而且我输入$sel1 $sel2时字母变红,是出现语法错误了吗?就是选择供体和受体的语句对吗?如下是我的pdb及index文件,希望大家帮忙,谢谢大家,新手初到,望不吝赐教,感激不尽! |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : md.pdb
- 附件 2 : index.ndx
2012-11-19 15:44:04, 148.19 K
2012-11-19 15:44:08, 40.55 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
VMD 软件 |
» 猜你喜欢
实验室接单子
已经有4人回复
全日制(定向)博士
已经有4人回复
假如你的研究生提出不合理要求
已经有6人回复
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
求助:我三月中下旬出站,青基依托单位怎么办?
已经有12人回复
不自信的我
已经有12人回复
所感
已经有4人回复
要不要辞职读博?
已经有7人回复
北核录用
已经有3人回复
26申博(荧光探针方向,有机合成)
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
【讨论】关于不同z值处的水能形成氢键数的脚本讨论
已经有4人回复
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
2楼2012-11-20 11:42:52
zhongyunxia
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 768.4
- 散金: 1
- 帖子: 183
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1338148
- 注册: 2011-07-05
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2012-11-20 15:45:41
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
4楼2012-11-20 16:14:56












回复此楼