| 查看: 1218 | 回复: 3 | |||
zhongyunxia新虫 (小有名气)
|
[求助]
请教VMD中measure hbonds
|
|
请教大家，初用VMD中measure hbonds计算氢键，体系为一个羧酸体系，供体和受体分别为OH和羰基O，在index中的编号分别是第6组和第5组。 在TKconsole中，这样写到，大家看是否有错 首先按照手册，selection1是供体，selection2是受体 所以 set sel1 [atomselect top "index 6"] atomselect0 set sel2 [atomselect top "index 5"] atomselect 1 measure hbonds 3.5 30 $sel1 $sel2 回车后出现三个圆括号 {} {} {} 请教大家，这是什么意思呢？而且我输入$sel1 $sel2时字母变红，是出现语法错误了吗？就是选择供体和受体的语句对吗？如下是我的pdb及index文件，希望大家帮忙，谢谢大家，新手初到，望不吝赐教，感激不尽！ |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : md.pdb
- 附件 2 : index.ndx
2012-11-19 15:44:04, 148.19 K
2012-11-19 15:44:08, 40.55 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 VMD 软件 |
» 猜你喜欢
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有6人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有6人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有7人回复
-
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗
已经有8人回复
-
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有5人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有4人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
【讨论】关于不同z值处的水能形成氢键数的脚本讨论
已经有4人回复
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
2楼2012-11-20 11:42:52
zhongyunxia
新虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 768.4
- 散金: 1
- 帖子: 183
- 在线: 76.6小时
- 虫号: 1338148
- 注册: 2011-07-05
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2012-11-20 15:45:41
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
4楼2012-11-20 16:14:56