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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] 请教VMD中measure hbonds

请教大家,初用VMD中measure hbonds计算氢键,体系为一个羧酸体系,供体和受体分别为OH和羰基O,在index中的编号分别是第6组和第5组。
在TKconsole中,这样写到,大家看是否有错
首先按照手册,selection1是供体,selection2是受体
所以 set sel1 [atomselect  top "index 6"]
atomselect0
set sel2 [atomselect top "index 5"]
atomselect 1
measure hbonds 3.5 30 $sel1 $sel2 回车后出现三个圆括号
{} {}  {}
请教大家,这是什么意思呢?而且我输入$sel1 $sel2时字母变红,是出现语法错误了吗?就是选择供体和受体的语句对吗?如下是我的pdb及index文件,希望大家帮忙,谢谢大家,新手初到,望不吝赐教,感激不尽!
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  • 2012-11-19 15:44:04, 148.19 K
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-20 14:42:35
zhongyunxia: 金币+5 2012-11-20 15:45:15
变红表示是变量
应该是没有找到氢键
2楼2012-11-20 11:42:52
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wally8962 at 2012-11-20 11:42:52
变红表示是变量
应该是没有找到氢键

那怎么选择我想研究的原子呢?谢谢
3楼2012-11-20 15:45:41
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-20 21:55:50
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhongyunxia at 2012-11-20 15:45:41
那怎么选择我想研究的原子呢?谢谢...

正确描述你的研究对象
比如,你所用的index 6,是用序号描述你选择的部分
或者用“segment 5 and  resid 6 and name O”等等
翻阅vmd user guide,细读atomselect部分
4楼2012-11-20 16:14:56
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