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测序结果使用MAGA5比对后有很多空白,不知何原因,请高手指导!
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芳芳208
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测序结果使用MAGA5比对后有很多空白,不知何原因,请高手指导!
如题,如图,别人的测序结果比对后未出现该问题,貌似这样也不影响后续建树,但不知何原因,请遇到过该问题的童鞋分析指导下!
未命名.jpg
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哼哼哈嘿,快使用双截棍!
1楼
2012-11-19 10:00:21
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4楼
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Originally posted by
芳芳208
at 2012-11-19 20:15:13
非常感谢指导!可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的,而是我数据库比对之后数据库中提供的序列,还可以删掉吗?...
你的意思,多的那个是你的标准序列,数据库里面的也不一定是对的,你测序了那么多都少碱基,要验证的话,可以从不同细胞分别提取RNA然后逆转录,克隆你的目的基因,进行测序
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2012-11-19 20:59:52
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还有测序结果中竟然出现了N、B,这个需要怎样处理呢?
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2楼
2012-11-19 10:02:12
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2012-11-19 13:55:43
这个是本身测序的问题,不是软件比对的问题,当中有条序列,多了个T,多了个CC,不想有空白的话可以把这条去掉,余下的序列在比对。
N表示测序时对那个位点的碱基无法判读,你具体的可以自己看下峰形图。
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3楼
2012-11-19 10:30:35
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3楼
:
Originally posted by
gyesang
at 2012-11-19 10:30:35
这个是本身测序的问题,不是软件比对的问题,当中有条序列,多了个T,多了个CC,不想有空白的话可以把这条去掉,余下的序列在比对。
N表示测序时对那个位点的碱基无法判读,你具体的可以自己看下峰形图。
非常感谢指导!可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的,而是我数据库比对之后数据库中提供的序列,还可以删掉吗?
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4楼
2012-11-19 20:15:13
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